古河博士によって身体能力を高めてもらい、殺し屋として生きる木島悦子。美少女いたぶりビデオを撮影して、闇で売りさばく弟の木島涼。そして涼に拷問を受ける一人の少女、城風香。風香は、涼から受ける拷問の痛みから逃げたいが為に、マヤという人格を生み出す。女神アテナと人間の間に生まれた末裔のマヤは、変身能力を使いフロンティアFを誕生させ木島涼を退治する。しかし、風香には誰に助け出されたのか記憶が無いまま時は過ぎていく。そしてフロンティアFの活躍が連日報道されていく。そこに目をつけた古河博士が風香に近寄り真実を告げる。涼を倒したのがフロンティアFと知った悦子は、復讐を誓いフロンティアFと対峙する事に…！