アイカと一夜を過ごしたメサイアはバゴーンから脱走する決心をする。だが尾行していたバゴーンの戦闘員が現れアイカもろとも捕獲されてしまうことに。正体を現したギンガブラックはアイカを激しい拷問にかけ、防衛システムに侵入するためのパスワードを聞き出そうとする。だがアイカは拷問に耐え抜いた。ギンガブラックはついに息子であるたけしの命を引き換えにアイカから情報を聞き出し、本部に強襲をかけ、ギンガイガーを制圧する。しかし絶体絶命のアイカの前に潜入スパイをしていたSK6が現れアイカを救出するのだった。果たしてギンガイガーはバゴーンの地球総攻撃を阻止できるのか！