ギンガイガーのメンバーはギンガジュピターこと春日マキの単独プレイに不信感が芽生えていた。そんなある日、マキの背信行為を決定づける画像が見つかる事に。それは悪の帝国バゴーンによる爆破テロの現場に残されたマキと父親であるバゴーンの戦闘員SK6との密会写真だったのだ！メンバー全体に不信感が募る中、国防省では新たなるプロジェクトが進んでいた。それはギンガイガーに変わる防衛の切り札として「ギャラクトライブ・スリー」という新たな戦隊チームを創設するという計画だったのだ！そのうえギャラクトライブ・スリーはメンバーのリーダーとしてギンガイガーのマーキュリーこと白木アイカをスカウトしようと画策。その様子を偶然見たマキはアイカと完全に対立する事に。全てはバゴーンの罠だと知らずギンガマーキュリーとギンガジュピターはついに対決する事に…。