アニス・ブライトは元・銀河共和国の軍人だが今は退役し未開の独立星系惑星でひっそりと暮らしていた。そんなある日、共和国の使いでシャルル大尉が訪れる。アニスの元上官であるヴォルフが突然、開発中であったワープ装置の反陽子コアを奪い、宇宙海賊バーガスと接触しているというのだ。一度は軍を離れたアニスだったがバーガスから反陽子コアを奪い返し、裏切り者のヴォルフ少佐を暗殺するために再び戦場に戻る決意をする。しかしその裏ではアニスの仇敵であるゾイドの手が迫りつつあった…。