見事、ドラゴンゲートで勝利したシュンは計画通りソンの目に止まるが、無意識に使った叡神拳の技によって正体を悟られてしまう。そしてソンの暗殺に失敗した可実由の命と引換えに組織に忠誠を求められる事に。死を覚悟したシュンは仲間になる事を拒否し過酷な拷問を受けることに。その頃シュンの正体を知った元はアジトに忍び込み瀕死の重傷を負ったシュンを救出するが二人の前に紫鈴が立ちはだかる。シュンは意識朦朧の中、武道家の本能によって紫鈴を撃破、脱出に成功する。一方、捕らえられた可実由はかつてイラクで家族を殺した傭兵、ライによって処刑される事に。記憶を取り戻したシュンは可実由を救うためにアジトに戻り、ソンと戦う決意をする。

2111年・近未来の地球は、北と南の二つに分かれ160年もの間、緊迫した冷戦状態の世界が続いていた。北タウンと南タウン。核兵器の脅威で保たれている偽りの世界の裏で、秘密諜報員たちの戦いが人知れず繰り広げられていた。南タウンの女性秘密サイボーグ諜報員の0.001、0.002、0.003（通称01、02、03）は、ボスからの指令を受け3人で北タウンが開発したといわれるエネルギーカプセルを奪いに向かっていた。国境を難なく越え、北タウンに入ったところで3人は、兵士に追われている女性を見かける。助けに行こうとする02、03に任務優先を促す01。だが、人間の感情が多く残されている02・03は、女性を助けに行ってしまう。バラバラになる01と02・03。01はサイボーグの特性を生かし北の研究所に潜入することに成功するのだが…。

02を北タウンで失い南のボスの下に戻る01と03。北タウンの02を取り戻すという03とボスに忠誠を誓う01との間で意見がくい違い、それぞれ自分が信じる方向に進むことに。03は、別れ際に、最近しばらく続いている地球の異常な現象の原因が太陽の接近だということを伝える。地球の危機が迫っているというのだ。「戦争をしている場合ではない」と言い残し南の基地を去る03。しかし、01はボスに絶対服従の姿勢を崩さないのだった。そんなある時、01は、02と03が助けようとした女性、ノアが南タウンのある場所に向かうところと遭遇する。こっそり後をつける01。ノアのたどり着いたそこは、なんと01が幼少のころ過ごした場所だった。消し去ったはずの過去の記憶が脳をよぎる01。突然のショックにサイボーグの体はショートし倒れてしまう。倒れた01を介抱するノアは、01に衝撃の事実を伝えるのだった。

新宿界隈を根城に暗躍する犯罪組織「赤龍」は、急速に発展した中国社会の経済進出に伴い裏社会での権力を拡大しつつあった。アメリカで自作テロを行うという情報を掴んだ警視庁特別捜査課の厚木は中国出身で格闘技に秀でたシュン・李を潜入捜査に抜擢し、赤龍が毎年おこなっている闇の格闘技大会「ドラゴンゲート」に出場する事に。そのころ、裏社会専門の探偵、元（げん）は赤龍のボス、ソン・スンウォンの暗殺を依頼される。元はかつて相棒の刑事だった孝・李をソンに殺され復讐の機会を狙っていたのだ。元は手塩にかけた暗殺者の可美由をドラゴンゲートに送り込みソンを暗殺しようとするが、皮肉にもその前に立ちはだかったのは孝・李の死んだはずの妹、シュン・李だったのだ。運命に引き寄せられるように戦う二人の女戦士…。果たしてソンの野望を打ち砕く事ができるのか！