平凡な女子校生・月島舞はふとしたことから謎の女性ミスティーリリーの手によって秘密結社デビルファングの魔の手から救い出される。平和に暮らしたければ自分のことを忘れろと告げたミスティーリリーに何かを感じた舞は、次の日からひたすら彼女を探し、街を彷徨うのであった。そして、偶然見かけたデビルファングの戦闘員の後をつけていった舞は、怪人・タランゴに見つかり、絶体絶命の危機に陥る。しかし、そこへまたもミスティーリリーが現れ、命を救われた舞。ミスティーリリーは圧倒的な戦闘力で戦闘員達を蹴散らし形勢逆転するも、巨大クモによって舞が人質に取られてしまう。何も抵抗できずにタランゴの牙によって体中を噛みつかれ、巨大クモのエネルギー波で苦しみのた打ち回るミスティーリリー。その時、見ず知らずの自分のために身を犠牲にするミスティーリリーを救いたいと思う舞の心が、隠されていた彼女の力を発動させた。舞の体は光に包まれ、戦士・キューティーローズへと変身する！

謎の変身を遂げ、デビルファングの怪人・タランゴを倒した舞のもとに女怪人・ジラルバが現れた。一方、舞の危険を察知したミスティーリリーは救出へと向かうが、その前には宿敵・ワラルツが立ちはだかる。互いに変身し、それぞれの敵と戦うキューティーローズとミスティーリリー。しかし、ジラルバの陰湿な攻撃の前にキューティーローズは倒れ、ミスティーリリーも隙を突かれてピンチに陥ってしまうのだった。大蛇に巻きつかれ、締め上げられていくミスティーリリー。そしてキューティーローズは体中をおぞましい蟲に吸い付かれ、エネルギーを奪われていく。ジラルバによって知らされる姉妹の秘密、妹を庇うミスティーリリー、衝撃の事実に戸惑うキューティーローズ。肉体と精神が追い詰められたとき、二人は心のリミッターから解き放たれる！

十数年前、ある人物が発見したオーパーツから未知のエネルギーが検出された。無限ともいえるそのエネルギーに目をつけた日本政府は、秘密裏に国内のエネルギー不足を解決するため研究を始める。しかしエネルギーの制御は難しく、ある日オーパーツが一人の研究者、川澄博士と共に消えてしまう。消えた川澄博士は政府の真の狙いを知り、悪用されぬように家族と共に逃げ出したのだ。警察と悪の組織の戦いの中、強化スーツに身を包んだ川澄博士の娘ゆうひ（オリア）が降り立つ。騒動のあと、警察組織の一員の山里とゆうひが出会う。二人は幼馴染の友達だった。ゆうひは、事故で死んだはずなのに。後日、山里はゆうひが亡くなったとされた事故記録を調べるが、その情報を持ち出そうそうとする瞬間、何者かに昏倒させられてしまう。悪の組織はアンチGIO兵器を開発、GIOシステムからエネルギーを引き出そうとすればするほど、そのエネルギーがダメージとなる物で、アジトに潜入したゆうひはエネルギーを使えず敗北する。捕らえられた後、悪の組織のアジトに拘束され、ゆうひはキツイ拷問を受ける。アンチGIO兵器と繋がれた山里。親友の前で痛みに苦しむ姿を晒させようという狙いだった。ゆうひは山里に謝ると、システムのエネルギーを上げる。アンチシステムに繋がれてる山里にダメージがいく。ゆうひは更にエネルギーを放出して…。