ピアノ教師の須藤岬は、緑川望という生徒をもっていた。望は、将来を決める大事な試験を目前に岬とマンツーマンで練習に励んでいた。ある日、岬は、右手に包帯を巻いて練習にやってくる。教室に入ってきた岬が目にしたのは、包帯を手にまいた望の姿だった。厳しい練習から逃げ出したい望は、手を怪我してピアノが弾けないと岬にいう。岬は本当に怪我をしている手で、望をたしなめるようにピアノを弾くのだった。慌てた望が包帯をとり、怪我などしていない手を見せるが岬はかまわずに弾きつづける。岬の本当の姿は、音楽を操り悪と戦っている音階の美少女戦士シンフォニアであり、悪の手先との戦いで右手を負傷していたのだ。ピアノ教師として望を教えている姿を敵につきとめられ、望は人質として捕えられてしまう。望を助けるため敵地に乗り込む岬。望のもとに辿り着くのだが…ピアノ教師としての岬は、思春期の少女の心と立ち向かい、シンフォニアとなった彼女は悪の強敵ノイザーと壮絶な戦いを繰り広げる。果たして、シンフォニアは、再び美しい旋律を奏でることができるのだろうか？