DNJ-02との戦いに勝利したものの、波動砲の使用によって燃料切れを起こしたアイはメグミの目の前でサイボーグ兵にさらわれてしまった。大日本重工専務・甲本の手によって体をバラバラに分解されてしまうアイ。そして彼女はコンピュータウィルスを受け記憶を失ってしまう。一方、アイを救出したいメグミはマシンキットを背負い、単独で大日本重工へ向かうのだが、そこに立ちはだかるDNJ-03とDNJ-04の前に撃沈。捕らわれ、甲本によって陰湿な拷問を受けるのだった。苦しみに耐えるメグミの前に現れたのは、なんと洗脳されたアイであった。二人の友情は非道な大人の手によって引き裂かれてしまうのか？超破天荒サイボーグ戦争ついに最終決戦へ突入！！！！！！！

荒廃した近未来の日本。支配者エルガは玩具にしようと拾った少女・愛が不死身であることを知り、その秘密を探るために壮絶な人体実験にかけられていた。その実験を担当する真田博士の助手である奥村澪は、愛の世話を続けている間に情が移り、愛を救うためにエルガを暗殺しようするが失敗に終わり、壮絶な仕置きにかけられる。真田博士は澪を救いエルガと自爆する。澪は博士に託された強化スーツを使って愛と脱出する。だが、数ヶ月後、澪は生きていたエルガと再会し、人外の力を手に入れたエルガに敗北し捕らわれの身となり、愛の居場所を問われて痛めつけられる。澪の窮地を不思議な力で知った愛は助けに向かうが、エルガのところにたどり着いたとき、澪はエルガに殺されていた。怒りで本来の姿になり、記憶を取り戻した愛は、エルガを倒そうとするが、卑怯な手段によって窮地に追い込まれてしまう。