ジャンヌピンク・桃咲晶、ジャンヌブルー・青姫涼、ジャンヌイエロー・黄乃蘭は、麗装戦隊ジャンヌ3として、人間を滅亡させようとする魔物たちの組織ダークスと戦い続けて来た。しかし惑星直列によって地球が闇に覆われ、ジャンヌ3のパワーの源であるアースジュエルが力を失い、三人は完全に変身できなくなってしまう。そこを敵幹部アヌビスに襲われた晶は囚われの身となり壮絶な拷問にかけられる。涼と蘭が助けに来て晶は死の寸前に救出されるが、アヌビスを倒す代償に蘭が命を失ってしまう。二人になってしまったジャンヌ3に、ダークスの総裁ハーデスは牙をむき襲いかかる。晶と涼をたっぷりと苦しめて殺すために、ハーデスは二人の記憶をさぐり、晶の最愛の人間であった蘭を魔物グリフォンとして、涼の最愛の人間であり、ダークスとの戦いの中で命を失っていた弟の達也を魔物ガルーダとして生き返らせ二人に襲いかからせる。最初は偽物と思っていた晶と涼だが会話の中から蘭と達也が本物であることを確信し、本気で戦えなくなる。しかし、死の世界へ最愛の人間である晶と涼を連れて行こうとする蘭と達也は、容赦なく晶と涼を痛めつけて弱らせていく。絶体絶命の危機に追い込まれた二人の女戦士に死の時が近づいてくる。

数年前に発見された地底深くに存在する古代文明…。その地表侵攻に備えて設立された超光子力防衛局は、決戦に備え特殊強化スーツを開発。その着装試験に赤城遼、青葉誠司、桃井ユカが合格した。しかし、古代帝国ドグマイラの戦艦が起こした地震により、着装予定だったスーツは5つのプラズマ球体となり飛散。三人は何とかスーツの着装を果たすも、残り二つは組織と何の関係もない一般人である黒黄猛、旬の兄弟の体内に吸収されてしまったのだった。戸惑いを隠せない黒黄兄弟の前に現れた古代帝国ドグマイラの王子カオスと王女カルマ。気まぐれなカルマの手によって黒黄兄弟は絶体絶命のピンチに立たされる！しかし、そのときやってきたわれらが超光子力防衛局の三人によって地表と古代帝国の戦いの火蓋は切って落とされた！だが、戦いの中で旬をかばったユカは大きな怪我を負ってしまう。みんなの心の支えであるユカの一時離脱に焦りの色を隠せない遼と誠司。一方、猛は弟との平和な生活を優先させるため防衛局入りを拒否し、旬とともに去っていってしまう。そんな戦隊分裂の危機に乗じて、王女カルマはチーム内最年少である旬を捕らえ、ペットとして飼う事に執着し、再び地表へ飛び出すのだった。

古代帝国ドグマイラの王女・カルマを倒し、ようやく5人そろったエナジーファイブ。しかし、旬が戦いに巻き込まれることを恐れる猛は訓練をボイコット、旬が寮へ入ることも許さなかった。一方、カルマを失ったドグマイラでは、王子・カオスが復讐を宣言。だが、その真意はカルマへの弔いではなくエナジーピンクを己の花嫁として迎えることであった。凶悪残忍なカオスからのプロポーズを断ったピンクはドグマイラ兵と戦闘。華麗に兵士を蹴散らすもカオスの凶弾の前に倒れるピンク。そして、強引なプロポーズを成功させるために、カオスは泡攻撃でピンクを弱らせてマスクとオーバースーツを消失させ、さらに残ったインナースーツさえも鋭い剣で切り刻んでいく。ピンクの残した髪留めから居所を割り出した残りのメンバーは、強大な敵に立ち向かう。しかし、奇跡を起こすためには全員の力が必要だ。そう、戦いを拒む猛を説得しなければ！今ここにエナジーファイブとドグマイラの決戦の火蓋がきって落とされる！