社会人になって一年目の生活に慣れない主人公りえ（芝田美沙）のもとに異変がおきる。りえが持っていた宝物が、かつて地球を支配しようと企んだ、ジャムー帝国が探し求めていたソウルクリスタルであった。そのクリスタルを探し求め、宇宙からかつて自分の先祖がマグナイザーであった悦子（辻彩加）が現れ、りえにソウルクリスタルの大切さを教えるが信じてくれない。悦子はマグナイザーの力を発揮できるのは、ソウルクリスタルの持ち主しかいないと、のちのち気付く。悦子とりえがまとまらない中、再びジャムー帝国が地球支配達成のために動きだし、残されたソウルクリスタルを見つけるため、地球人を襲っていく。最初はマグナイザーになることに興味がなかったりえだが、人が襲われてる姿を目の当たりし、徐々にマグナイザーへの道を歩み出す。二人の気持ちが重なり合った時、マグナイザーの魂が二人に宿り、マグナイザーONEの真のマグナイザーの姿となれる。二人はマグナイザーONEとなり、ジャムー帝国から地球を救えるか…！！