輝きの星から亡命し、地球で勇敢な戦士に育った5人の若者、輝星戦隊ギンガセイジャーはついに故郷の仇であるオブシディアンの皇帝デスダイヤを倒し、宇宙には平和が訪れたはずだった…。しかし、ピンクセイジャー・レオナの前に現れた謎の女戦士は彼女を異次元へと連れ去り、ブルーセイジャー・ラピスの前にはオブシディアンの軍団長デブリアが？！プルート鉱石で高重力のなか戦いを強いられるラピスは大ピンチに…。駆け付けた仲間たちとともに彼女も異次元へと飛ばされてしまう。なぜ皇帝は復活したのか？謎の女戦士の正体は？本当の最終決戦の火ぶたが切って落とされた！

日之本桜花はフェアリーキャプターとして妖精を封印する戦いの日々を送っていた。そんな中、親友の天元寺智美が雷の妖精に襲われているところを救い出し、雷の妖精を封印することに成功する。そして桜花の秘密を知った智美は、桜花の手伝いをすると言いだし、コスチュームなどをプロデュースしはじめる。智美と二人三脚で戦い始めた桜花はある日、土の妖精を封印しようとする。だが2人の前に美少年の林狼とその姉でフェアリキャプターの林蘭が現れ、土の妖精を封印してしまう。林狼に一目ぼれした桜花は、2人と共闘しようと提案するが、それに嫉妬した智美は、共闘など不必要と証明するために、1人で火の妖精を封印しに出かけてしまう。それを狼から聞いて智美のところに駆け付けた桜花と狼、そして遅れて駆け付けた蘭の4人は、これまでの妖精の中では圧倒的に強い火の妖精に対して力を合わせて封印することに成功する。だが、そこに妖精たちのボスともいえる闇の妖精が現れ、4人に襲いかかる。窮地に追い込まれた桜花は、これまでに封印した妖精の力を使えるようになり反撃にうつるが、闇の妖精の心の声を聞いたことで封印を躊躇してしまう。そのせいで闇の妖精を逃がした上、狼を拉致されてしまい、蘭との仲も再び険悪になってしまう。

未来の地球で暴れまくる宇宙怪人ゴーダを倒す為、現在・過去・未来のピンクが集結！無敵の強さを誇るゴーダを倒す為には、ゴーダが卵の状態の時に破壊する！それしか方法は無し！宇宙を彷徨う卵が落下する時代と場所を割り出し、時空装置を身につけて推測ポイントに舞い降りた未来のピンク・クルニカと84年のバブルピンク。現代のピンク・ウイングピンクと戦う怪人デラスを軽く倒すクルニカ。クルニカ「私の時代ならお前は戦闘員にもなれない！」圧倒的強さのクルニカ。一方、戦闘員と合間見えるバブルピンク！必殺技のリボンを出すが戦闘員にさえ効かない。ショックのあまり立ち尽くしてしまうバブルピンク。こうして時代の異なる三人のピンクが同じ時代に揃い立った。しかし、クルニカの強引なまでのやり方に敵意をむき出しにするウイングピンク。三人が協力し合わなければゴーダを倒すことが出来ない。果たしてクルニカにウイングピンクは従うのか！？そして何故三人でなければならないのか！？謎めいたピンクの戦いが始まる！未来の地球を救う為に！！

現代の地球の平和を守る、ピチピチ女子校生たち（辻彩加・栗田栞・大蔵愛）は自分達ジャスティーウィンドの力に不安を感じていた。特にマイティーはこのままではジャスティーウィンドが弱くなると一人焦り始め、仲間と距離を置き始める。ある日、マイティーの目の前で人が怪人に襲われ、駆けつけるマイティー。駆けつけた先には、ジャスティーウィンドにかつて敗北したイロード軍団の生き残り、サイハ（鎌田久美子）が待ち構えていた。マイティーは必死に戦うが、イロード軍におされてしまう。異変に気付いたレッド、ホワイトウィンド達は、直ぐにマイティーのもとへ駆けつけるのだが…自分の力を信じ続けるマイティーは、レッド、ホワイトと合流してからも一人、仲間を守ろうと必死であった。ジャスティーウィンドはイロードを倒せるか！？

【第一話・残忍】怪人クリュエルは人々を抹殺していた。そこに偶然通りかかった水城唯。自分の力ではどうする事も出来ない事を知りつつ、怪人に向っていく。しかし、クリュエルに捕まり絶体絶命のピンチに陥る。その時！セーラーリオンが現れ唯を助ける。【第二話・嘘つき】セーラーヴァルソーとして変身し、リオンと共にクリュエルを倒した唯。しかし、愛（リオン）には認めてもらう事は出来ない。そこに一人の男が現れる。男は唯に語り始める。怪人を一人で倒す事が出来れば、リオンの信頼を勝ち取れるんじゃないかな！その言葉を聴いた唯はその男と新たなる怪人を退治に向う。【第三話・大食い】ヴァルソーの頑張りを認めた愛は、一人唯を待っている。そこに現れたのは怪人グルートン。リオンに変身して戦うが、グルートンの攻撃でダメージを負うリオン。さらにエネルギーを大量に吸収され大ピンチに！そこにやってきたヴァルソーはリオンを助け出すが…。【第四話・狡猾】セーラーセイザーズに倒された怪人の敵討ちを誓うリュゼ。二人を自動的に自分の基地に転送させ一瞬の隙をついて攻撃を放つ。負傷した二人は懸命に戦うも徐々にダメージが蓄積していく。ボロボロの二人をじっくりと料理していく怪人リュゼ！果たしてどんな結末が待っているのか！？

【第一話】遥か太古に地球を我が物にしようとし、神の力によって海に沈められたとする古代文明。一ノ瀬健一郎は、そのジャムー帝國が近い将来復活し、人類を滅ぼすと学会で訴え続けていた。しかし、その主張は相手にされず学会を追われてしまう。そんな時、健一郎の発表を信じる一人の女性が現れる。その女性は後に健一郎と結ばれる蛍子であった。ジャムー帝國の復活を阻止する為、二人は協力し合いマグナシステムの開発を進めていった。一方、ジャムー帝國復活のカギを握る女王ハイドラは、神が複数地球上に分散させた、帝王ジャムーの魂、ソウルクリスタルの回収を急ぐ！それから時が流れ、健一郎の娘である明菜がマグナシステムを使いマグナアクアとなり戦いを繰り広げていた。【第二話】健一郎の開発したマグナシステムを使いこなした光流。マグナフレアそして明菜と合体し、マグナイザー1となりハイドラが創り出したキャンサーを倒す事に成功する。幼少の時からマグナシステムの訓練を受けてきた明菜にとって、義理の妹である光流の存在は嬉しくもあり自分自身がマグナイザー1になる事が出来ないジレンマに駆り立てられていた。そして光流は、母親である蛍子が亡くなり何故に健一郎のもとに来たのかを知る。自分の存在価値に疑問を感じた明菜の前にハイドラが創り出した第二の敵が現れる。明菜は「これが最後の戦い」と心で呟き戦う事を決意するが…。

それは、ある一本の電話から始まった…。UMA調査隊東京本部・辻彩加調査員のデスクへUMA目撃情報が緊急入電した。千葉県松戸市の江戸川流域に正体不明の巨大生物が現れたというのだ。果たして、その巨大生物とはどんな生物なのか！？UMA調査隊は、ただちに調査を開始した。しかし、辻調査員は寄せられた情報に疑問を感じていた。というのも、千葉県松戸市は東京都のすぐ横に位置しており、そんな都心近くに巨大生物が出現するとは考えられないからである。本当に巨大生物は現れたのだろうか…？期待と不安を抱きながら、UMA調査隊は千葉県へと急いだ。到着した一行を迎えてくれたのは、今回の調査をサポートしてくれる平井絵美現地調査員。早速、目撃現場から調査を開始。地元では「マツドドン」と呼ばれているその巨大生物。その驚愕の正体とは！？その他、江戸川に生息するといわれる「怪魚エディ」。雄蛇ヶ池に潜む「オジャッシー」。蛇に化ける蛸「ヘビダコ」等、怪奇生物UMAの謎を徹底調査する！！

カルバリーの第一の幹部シュぺルターは敗れ去った。グロリアが送り込んだ第二の幹部デコーズは、映像を見ている人々を鏡面世界へと取り込むフィルムプロジェクトを実行していた。その中に自宅で映画を見ている森園ようこも含まれていた。しかし、勇敢に立ち向かうようこの素質に目をつけたデコーズが仲間に勧誘するが拒否され、フラッシュ（ようこ）との戦いが始まる。デコーズの、圧倒的な力に押されてしまうフラッシュ。そこへ、三人目のWミラージュが現れる。邪悪な悪を倒す事が果たして出来るのか！

二人の幹部を倒されたグロリアが指示を出し、各地で無差別に人々を襲い鏡面世界に取り込んでいく。戦況の中、スパークとフラッシュが向かって行くが対応しきれない！謎の少女サンダーを現地に出動させる隊長の友里。しかし、自分の身体をコントロール出来ないサンダーはその場で倒れてしまう。危険を感じた電脳特捜隊・隊長の友里も応援に行くが、最強の力を持つグロリアの圧倒的な力により、友里が囚われの身になってしまった！友里を助けだす為に、身体が完治しないままサンダーは出撃する。その後を追うように、スパーク＆フラッシュも応援に駆けつける。

サンガンバーと戦う悪の組織マッドの目的はただ一つ、それは世界征服！その邪魔をするサンガンバーを苦しめる為に次々と送り込まれる女戦闘員達。しかし、女戦闘員が束になってもサンガンバー達に倒されてしまう。マッドの女幹部は、新しい戦闘員を増員させる為に町中から候補となった女性を拉致し、洗脳を加え女戦闘員に仕上げていく。一般人から女戦闘員に変えられた者たちは、サンガンバーに挑むも無残に命を落としていく。一方、女技術者達はマッドコブラに仲間を食べさせ、強靭な怪人を作り出そうとしていた。そこに現れるサンガンバー！マッドの基地を探り出し爆破に来たのである。そうはさせないとサンガンバーを取り囲む新たな女戦闘員達は徐々にサンガンバーを追い込んでいく！