2111年・近未来の地球は、北と南の二つに分かれ160年もの間、緊迫した冷戦状態の世界が続いていた。北タウンと南タウン。核兵器の脅威で保たれている偽りの世界の裏で、秘密諜報員たちの戦いが人知れず繰り広げられていた。南タウンの女性秘密サイボーグ諜報員の0.001、0.002、0.003（通称01、02、03）は、ボスからの指令を受け3人で北タウンが開発したといわれるエネルギーカプセルを奪いに向かっていた。国境を難なく越え、北タウンに入ったところで3人は、兵士に追われている女性を見かける。助けに行こうとする02、03に任務優先を促す01。だが、人間の感情が多く残されている02・03は、女性を助けに行ってしまう。バラバラになる01と02・03。01はサイボーグの特性を生かし北の研究所に潜入することに成功するのだが…。

02を北タウンで失い南のボスの下に戻る01と03。北タウンの02を取り戻すという03とボスに忠誠を誓う01との間で意見がくい違い、それぞれ自分が信じる方向に進むことに。03は、別れ際に、最近しばらく続いている地球の異常な現象の原因が太陽の接近だということを伝える。地球の危機が迫っているというのだ。「戦争をしている場合ではない」と言い残し南の基地を去る03。しかし、01はボスに絶対服従の姿勢を崩さないのだった。そんなある時、01は、02と03が助けようとした女性、ノアが南タウンのある場所に向かうところと遭遇する。こっそり後をつける01。ノアのたどり着いたそこは、なんと01が幼少のころ過ごした場所だった。消し去ったはずの過去の記憶が脳をよぎる01。突然のショックにサイボーグの体はショートし倒れてしまう。倒れた01を介抱するノアは、01に衝撃の事実を伝えるのだった。