東京都知事「山浦幸太郎」の支持者が暗殺されるという事件が発生する、警視庁殺人課の「落合美香」通称ビキニは暗殺者の黒幕がオーイガコーポレーションの総帥「須藤義則」の犯行と断定し、捜査を開始する、その頃警察の護衛に限界を感じた山浦の秘書「篠崎勉」は裏社会で暗躍する探偵「セーラーニンジャ」と呼ばれる元暗殺者の「上草響」を雇う事に。 巨額のギャラに目がくらんだ響は山浦の護衛を引き受ける事に、早速に現れた暗殺者達を撃退した響は黒幕の須藤を始末するためにアジトへ忍び込むが秘書の篠崎の裏切りで敵の手に落ちてしまう、その頃オーイガの暗殺者「雫」は山浦を後一歩まで追い詰めるが寝返ってSNBの忍者を皆殺しにしてしまう。

須藤の手に落ちた響は激しい拷問を受ける事に、その頃、響を救出するためにアジトに忍び込んだ雫は同じく捜査のために忍び込んだビキニと共闘して響を救出、犯罪の証拠を掴んだビキニは本部に連絡するが部長の裏切りで敵に捕まってしまう、須藤はビキニを人質にして山浦をおびき寄せる事に。拷問から脱出したビキニは山浦との取引場所を聞き出し現場に急行する。その頃、間一髪の所で山浦を救出した響と雫はついに須藤を追い詰めるが最強の暗殺者「嵐三人衆」が現れ三つ巴の戦いに、果たしてセーラーニンジャは敵の陰謀を阻止する事ができるのか！

かつて悪の帝国「死神軍団」に洗脳された四人の少女達は科学者の岩倉博士と共に死神帝国を脱走し、強化スーツを身に纏った正義の戦士「スターセイバー」として悪と闘っていた。そんなある日、岩倉の友人であり「粒子物理学の権威」山岡博士からSOSのホログラム映像が届く。学界で発表した仮説を悪用しようと画策している死神軍団に拉致された山岡は一人息子の正が狙われることを危惧して助けを求めてきたのだ！至急正の保護に向かうスターセイバー。しかし一人の少年を保護するという簡単な指令は、正の隠された秘密が明らかになるとき世界の平和を賭けた闘いに変わっていく！！少年に託された使命を守るために敢然と死神軍団に闘いを挑む少女達…。果たして彼女達は世界の平和を守りきる事ができるのか！？