悪に染まったしずかを助け出すために、現れた怪物たちと戦うアキバリオンの3人だったが、敵の罠にかかり捕らえられてしまう。身動きのとれないアキバリオン3戦士を楽しむようにいたぶるゲンダギン。その場にいるしずかはそれをみて笑っているのだった。絶体絶命のピンチが訪れたとき、しずかは3人に向けて気功弾を放つ。爆風で弾き飛ばされるゲンダギン。衝撃で拘束が解けた3人は、力を合わせてゲンダギンに立ち向かい、なんとかゲンダギンを倒すのだが、イエローが戦闘不能のダメージを負ってしまう。秘密の地下室で治療する結衣子。看病する朱音とメグ。そこに現れたのは、なんと、『S』こと天才プログラマーの佐藤希という少女だった。パソコンを使い現実世界と仮想空間を自在に操る希によって、最後の怪物アビリアに弄ばれるレッドとブルー。追い詰められる二人。そして舞台は秋葉原へ。巨大化したアビリアを止めるため、みんなのパワーをレッドに集め、巨大化するアキバレッド。アキバの街を舞台に未曾有の巨大対決が今、始まる…。

ブルーウィンドとホワイトウインドから『和の力』について聞き出すことに失敗したファングガールとアマゾンレディー。一向に手がかりを得ない状態の中、アメコミ軍団のリーダーであるブレイクウーマンがようやく日本に上陸した。圧倒的な強さと刀をもはじく耐久力、そして傷ついても復活する不死身の肉体を持ったブレイクウーマンはマイティーウィンドを一方的に痛めつけ『和の力』の手がかりとして捕獲していくのであった。互いに打ち解けあえず、個人主義に走る風香、翔子、舞姫の三人であったが、それぞれ深空に心のよりどころを求めていた彼女たちはようやくひとつの目的のために集結し、最終決戦へと向かっていく。ホワイトウィンドVSアマゾンレディー、ブルーウィンドVSファングガール、そしてレッドウィンドVSミスタランチュラ。互いのプライドをかけてぶつかり合うジャスティーウィンドとアメコミ軍団！！果たして勝利し『和の力』を手に入れるのはどっちだ？！

突如日本に上陸した謎の軍団！マイティーウィンドを襲う彼女たちはこの地へ『和の力』を探しに来たという。3対1と圧倒的不利な状況から抜け出したマイティーウィンドこと夜咲深空は、ミスタランチュラの毒を受け森の中で意識を失うも、通りかかった女子校生・火刃風香によってかくまわれ、一命を取り留めるのであった。偶然出会ったと思われた二人であったが、実はお互いが先祖代々引き継いできた伝説の刀によって引き合わされたものであり、この刀を持つものこそジャスティーウィンドへと変身する力を持つのである。しかし、まだそのことを理解していない風香を戦いに巻き込むことを恐れた深空は何も語らずに風香の家を出て行ってしまう。その後、深空を急襲するミスタランチュラの蜘蛛糸で全身を締め上げられ、もはや絶体絶命のピンチに！しかしそこへ助太刀に入ったのは、わけもわからずにレッドウィンドへと変身を遂げた風香であった。風香の予想外の善戦によりミスタランチュラを退けた二人は、同じ刀を持つ仲間を探すことに。だが、ようやく見つけた仲間は一筋縄では行かない個性を持った女の子たちであった。誰にも心を開かず、他人を信用しない孤児の翔子。お嬢様育ちゆえのわがままさで自我の強い舞姫。全員集結したかに思えたジャスティーウィンドは空中分解の危機に…。そして、同じころファングガールとアマゾンレディーが彼女たちに襲いかからんとその牙を研ぎ始める…。

コミュニティーサイト『倉』で、チャット仲間の朱音、メグ、結衣子、しずか。ある日、4人がチャットを楽しんでいる最中、突然、「シズカハFノイチブニナッタ」という謎のメッセージとともにサイトから姿を消すしずか。と同時に、鞍馬天狗と名乗るものがログインし、「シズカを助けに行こう！」と進言される。訝しがる3人だが…。翌日、集合場所である秋葉原に集まる3人。コミュニティー以外の現実世界では赤の他人の3人が、運命に導かれ出会う。3人を呼び集めたのは偶然にも3人がよく利用するメイド喫茶のオーナー、巣賀治朗という人物だった。個人SEの結衣子が集めた情報をもとに、しずかの家を探す3人。しずかをなんとか見つけ出す3人だったが、しずかは3人を弾き飛ばし突如逃げ出す。急いで追いかける3人。そこに現れたのは、悪に汚染されたしずかと、得体の知れない怪物たちだった。怪物に襲われる3人。怪物の魔の手が迫るその時、いきなり携帯電話が鳴り『S』と名乗る人物から、念じれば力が宿ると言い渡される。半信半疑の3人だが、怪物を前にして念じるしかなかった。3人が強く念じたそのとき、体は光に包まれ、アキバリオンという戦士として怪物たちの前に立ちはだかっていたのだった。