…大魔王ガルンテを滅ぼしたあの日から1年。小学校教師・結衣は相変わらず元気に子供たちとの日々を過ごしていた。そんなある日、学芸会が迫る漆が丘小学校に美しい女性・さくらが保険医として転任してくる。隣町に住むという彼女はあっという間に子供たちのあこがれの的に。一方、結衣が耳にした不穏なウワサ。それは“ヒロインキラー”と呼ばれる謎の凶悪な怪人が次々に帝都のヒロインたちを葬り去っているというもの。今やヒロインがいるのは結衣のいる漆が丘と、隣町の旭町のみである。怪人ガルタフトと共に帝都完全攻略をもくろむ狂気の科学者シーカーの魔の手はついにレオーナに迫る。果たして結衣はDrシーカーの計画を阻止する事が出来るのか！そしてさくらの正体とは…？

ついにアキバリオンシャドー月となった牢那だったが、白虎との戦いで仁雷は負傷してしまう。牢那と詩百合は病床の間で仁雷の口から語られる亜牙一族の歴史を聞き、決意を新たにするのだった。そのころ死骸一族は計画の障害となるアキバリオンシャドーをおびき出すために秋葉の街を襲撃していた。牢那と詩百合は現場に急行し死忍を倒すが突然、詩百合が牢那に襲い掛かる！玄武の幻術によって操られた二人は味方同士で戦うことに。果たしてアキバリオンシャドーは玄武の幻術を見破る事ができるのか！？そして宿敵、青龍の野望を阻むことができるのか！？秋葉原の未来を賭けた戦いが始まろうとしていた…。