暗殺組織“YAIBA”に捕らわれた女仕事人の純は拘束され、コスチュームを脱がされ、恥ずかしい下着姿にされ拷問されていた…。首を絞めつけ電気を肉体に流される純は悶絶し、涙を流しながらも女仕事人“SHINOBI”の秘密は喋らなかった…。暗殺組織の元締めは捜査官である春奈の上司だった。春奈は犯罪の汚名を着せられる。春奈は自分の身の潔白を証明するために、暗殺組織と戦う事を決意する…。京香は春奈と一緒に拷問される純を助けに行く。だが、元締めは女捜査官春奈と純の姉の死との因果関係を語りだす…。自分と京香を逮捕しようとしていた女捜査官春奈を一度は信じた純だったが、再び二人の関係に亀裂が入る。元締めはそれに付け込み京香・純・春奈の3人を拘束する事に成功する…。3人はリンチとも呼べる拷問をされ抹殺されそうになる。間一髪で、京香のメスが拘束された縄を切り裂く…。京香は自分達の仲間を殺された恨みを晴らす事を決意し、女仕事人達の殺しの技が闇の中で炸裂する…。

京香と純は闇の暗殺組織YAIBAを抜け出し、社会的弱者の晴らせぬ恨みを代わりに晴らす女仕事人として、ずば抜けた身体能力と技でこの世の悪しき権力者を暗殺してきた。彼女達がそんな殺伐とした日々にピリオドを打とうと考えた矢先に、YAIBAの元締めが裏切り者の彼女達を抹殺しようと凄腕の暗殺者を京香と純に仕向ける…！…そのころ女捜査官・真柄春奈は、とある暗殺者達が犯した殺人事件の捜査をしていた。ある手がかりを元に春奈はその事件に関与していた京香と純に遭遇し、逮捕のチャンスを掴むが寸でのところで彼女達に逃げられてしまう…それから時は流れ京香は女医として、純は音楽の教師として、平凡だが幸せな日々を過ごしていた。だが、謎の覆面男の元締めは彼女達の居場所をついに突き止め、裏切り者としてのけじめをつけさせようとする。そして自らの運命に決着をつけるため、京香と純の命を賭けた戦いが始まる…！その矢先、再び彼女達と偶然遭遇した春奈は今度こそ逃がすまいと純を手錠にかけ、手出しの出来ない京香までも捕まってしまう。春奈に拷問まがいの尋問を受ける二人。過去の過ちを辿っていくうちに暗殺組織の元締めは実は警察内部に潜んでいることが明らかになっていく…彼女達の戦いは混迷を深め、泥沼化していく…。

ほんの少し未来の話…。謎の地球外生命体から侵略を受けている地球では、その対抗措置として国際保安機構内に新たな組織「世界侵略者駆除組織」通称G・I・Oを結成。その活動の中心となるジオレンジャー候補生として3人の美しい女性達が選ばれた。勝気で高慢な捜査官・冴羽雪、格闘素人で気弱な宇宙飛行訓練生・湊藍、そして命令に忠実で寡黙な軍人・結城蓮。性格も考え方も経歴もまるでバラバラな3人は、鬼教官・椎名の下で6ヶ月間の地獄の特訓に強制的に参加することになったのだ。人格を否定し、遅れを取る者には容赦なく制裁を加え、弱音も口答えも許さない徹底的なスパルタ指導によって、身も心もボロボロになりながらも3人は必死で訓練に喰らい付いていく。しかし、訓練課程の中で蓮に敗れながらも、自分が一番ではないことを認められない雪の行動により、3人の中には不協和音が流れ始める…。

須藤の手に落ちた響は激しい拷問を受ける事に、その頃、響を救出するためにアジトに忍び込んだ雫は同じく捜査のために忍び込んだビキニと共闘して響を救出、犯罪の証拠を掴んだビキニは本部に連絡するが部長の裏切りで敵に捕まってしまう、須藤はビキニを人質にして山浦をおびき寄せる事に。拷問から脱出したビキニは山浦との取引場所を聞き出し現場に急行する。その頃、間一髪の所で山浦を救出した響と雫はついに須藤を追い詰めるが最強の暗殺者「嵐三人衆」が現れ三つ巴の戦いに、果たしてセーラーニンジャは敵の陰謀を阻止する事ができるのか！