悪に染まったしずかを助け出すために、現れた怪物たちと戦うアキバリオンの3人だったが、敵の罠にかかり捕らえられてしまう。身動きのとれないアキバリオン3戦士を楽しむようにいたぶるゲンダギン。その場にいるしずかはそれをみて笑っているのだった。絶体絶命のピンチが訪れたとき、しずかは3人に向けて気功弾を放つ。爆風で弾き飛ばされるゲンダギン。衝撃で拘束が解けた3人は、力を合わせてゲンダギンに立ち向かい、なんとかゲンダギンを倒すのだが、イエローが戦闘不能のダメージを負ってしまう。秘密の地下室で治療する結衣子。看病する朱音とメグ。そこに現れたのは、なんと、『S』こと天才プログラマーの佐藤希という少女だった。パソコンを使い現実世界と仮想空間を自在に操る希によって、最後の怪物アビリアに弄ばれるレッドとブルー。追い詰められる二人。そして舞台は秋葉原へ。巨大化したアビリアを止めるため、みんなのパワーをレッドに集め、巨大化するアキバレッド。アキバの街を舞台に未曾有の巨大対決が今、始まる…。

コミュニティーサイト『倉』で、チャット仲間の朱音、メグ、結衣子、しずか。ある日、4人がチャットを楽しんでいる最中、突然、「シズカハFノイチブニナッタ」という謎のメッセージとともにサイトから姿を消すしずか。と同時に、鞍馬天狗と名乗るものがログインし、「シズカを助けに行こう！」と進言される。訝しがる3人だが…。翌日、集合場所である秋葉原に集まる3人。コミュニティー以外の現実世界では赤の他人の3人が、運命に導かれ出会う。3人を呼び集めたのは偶然にも3人がよく利用するメイド喫茶のオーナー、巣賀治朗という人物だった。個人SEの結衣子が集めた情報をもとに、しずかの家を探す3人。しずかをなんとか見つけ出す3人だったが、しずかは3人を弾き飛ばし突如逃げ出す。急いで追いかける3人。そこに現れたのは、悪に汚染されたしずかと、得体の知れない怪物たちだった。怪物に襲われる3人。怪物の魔の手が迫るその時、いきなり携帯電話が鳴り『S』と名乗る人物から、念じれば力が宿ると言い渡される。半信半疑の3人だが、怪物を前にして念じるしかなかった。3人が強く念じたそのとき、体は光に包まれ、アキバリオンという戦士として怪物たちの前に立ちはだかっていたのだった。