コードネーム白虎、朱雀、玄武、青龍から成る、悪を裁く仕事人のチームジャッジ。だが、その活動を快く思わない人間から暗殺者集団イレイズにジャッジを殺すように依頼が入る。イレイズのリーダーミストレスは、チームの一員で女医のシリングこと矢沢麗を囮にしてジャッジをおびき出す計画を立てる。ジャッジのリーダー青龍は、依頼された先の仕事で白虎こと牙望深雪が甘さを見せたので、悪徳女医矢沢麗への仕事を深雪一人に命じる。だが深雪と麗は学生時代の同級生だった。学生時代、麗にいじめられていた深雪だったが、麗の“私は変わった、今回の件は濡れ衣だ”という言葉を信じたがために囚われてしまい、学生時代から深雪に歪んだ感情を持っていたサディストの麗に壮絶な拷問にかけられる。深雪を妹のように思っている朱雀こと翼陽菜は単身深雪を救いに向かうが、陽菜も囚われの身となってしまい、深雪の前で拷問にかけられてしまう。仲間の助けを借りて脱出し、ミストレスと麗以外のイレイズを倒した二人だったが、その前に立ちはだかったのは、麗に操られた青龍と玄武だった。

武捜戦隊サイレンジャーは、サイレッド柴田陽奈を残して面子が一新し、新体制で活動を始めていた。そんな中、かつての体制のサイレンジャーに息子たちを逮捕され死刑にされた魔獣三兄弟の父グランデルGが、宇宙武器商人シェブラスを連れて地球にやってくる。その目的はサイレンジャーへの復讐。グランデルGはシェブラスの対サイレンジャー用の武器を使って、サイホワイトとサイブルーを捕まえるが、その顔を見てかつての子供たちを逮捕したサイレンジャーとは違うことを知る。その二人をシェブラスが引き取る。シェブラスの狙いは、宇宙中の犯罪者に憎まれているサイレンジャーの強化スーツをさらに分析し、完全な対サイレンジャーの兵器を生み出して宇宙中の犯罪者に売りさばくことだったのだ。そして広海と美雪を拷問のような人体実験にかける。一方、二人を探す陽奈は、魔人ナーガと戦うジャスティーウインドの三人に遭遇する。変身してジャスティーウインドを手助けするが、目の前でナーガを殺され、ジャスティーウインドを殺人で逮捕してしまう。ボスのターマ野崎の判断で釈放されたジャスティーウインドは、サイレンジャーと協力することを誓う。だが、功を焦った美穂が一度死んだと思われたナーガに捕まり、囮作戦も失敗し、陽奈と千恵も捕まってしまう。そして一人残った葉月の前には復讐に燃えるナーガが。絶体絶命の六人はこの危機を乗り越えられるのか。