世界の忍者による闘争『忍者大戦』を起こすためウィンド忍軍の秘宝を狙うシャドウ忍軍の蛇喰ゼオンと骨塚ガスト。ウィンド忍軍の頭領であった父を暗殺された紅風アキは白雪リナ・水瀬ユウカとともにジャスティーウィンドとしてシャドウ忍軍に立ち向かう！本来、ゼオンによって送り込まれたスパイであったユウカはゼオンに反旗を翻すも、毒の能力と蛇の牙の前に倒れ、ブランク体へと弱体化してしまう…。ガストによって別次元へ引き込まれたリナは怨の能力と拷問鋏に苦しめられ、また鬼との戦いで捨て身の必殺技に失敗したアキもそれぞれブランク体に弱体化してしまうのだった。強大な敵に苦しめられながらも正義の心を闘志とともに燃やし、最後まで戦いをあきらめないジャスティーウィンド達！ウィンド忍軍の秘宝とは？！彼女たちは忍者大戦を止められるのか？！