世界征服を目論む悪の秘密結社バゴーンと戦うために結成された特殊部隊ギンガイガーのメンバー朝倉めぐみと白木アイカはかわらべ村で頻発する村人蒸発事件の影にバゴーンが関与している疑いを持ち調査に向かう事に。村に到着しためぐみたちはこの村でUMA研究を続けている真鍋義文という男に出会い、この村の恐るべき河童伝説を聞かされる。河童信仰のあるこの村では江戸時代末期に起きた天保の大飢饉以来、村人を生贄にする河童祭りという儀式が行われるというのだ。めぐみたちは事件の真相を探るために自ら囮になって河童をおびき出そうとするが河童の祟りを恐れる村人達はめぐみたちを生贄にしようと襲い掛かってくる。村人を制圧しためぐみは河童が生息するという禁断の地を聞きだし、ついに河童の正体がカワラベ村の伝説を悪用したカッパ怪人ヴァイラスである事を突き止めるが、ヴァイラスに倒され拷問を受ける事に。そしてヴァイラスは次なるターゲット白木アイカを血祭りに上げようとアイカを罠にかける事に。果たしてめぐみはバゴーンの陰謀を阻止できるのか！