怪獣や宇宙人が現れてもフレアレディが倒してくれる。そんな隊員の気を引き締めるために長官は、格闘技に長けた北海麗子隊員と、武器開発の水沢まり隊員を招集する。それとほぼ同じ時期に現れた怪獣スキュラス。防衛軍の皇まどか隊員はフレアレディに変身して戦いを挑むが、必殺のフレアビームも通用せず、エネルギーも吸われて敗北してしまう。力尽きて人間体に戻ったまどかは、スキュラスを操るセイレン星人に囚われて激しい拷問を受けることに。そして北海隊員と水沢隊員こそがセイレン星人だったのだ。水沢隊員の姿に戻ったセイレン星人は長官にまどかがフレアレディだったと告げ、そのエネルギーを奪って、どんな怪獣も倒せる光線銃を作るように進言し、まどかはすべてのエネルギーを奪われてしまうのだった。本性を現していくセイレン星人姉妹から、満身創痍のフレアレディは地球を守ることができるのか。

黒鳥の魔女に闇の女王を復活させるための生贄にするために襲われていた巫女の凛。彼女を助けた捜査官の美神まや。彼女のもう一つの姿は、紅の女神ワンダーフレイヤだった。黒鳥の魔女の計画を阻止するために、凛をガードすることにしたまやは、襲撃してきた黒鳥の魔女の手下の魔物をワンダーフレイヤに変身して撃退する。だがワンダーフレイヤがアマゾネスアイランドの姫だと知った黒鳥の魔女は、凛ではなくワンダーフレイヤを生贄にしようと考える。隙をついて捕らえた凛を人質にワンダーフレイヤを捕らえることに成功した黒鳥の魔女は、ワンダーフレイヤをいたぶりぬき、そして闇の女王に捧げるために鋭い羽根手裏剣をワンダーフレイヤの胸に突き刺し、ゆっくりと心臓を貫きにかかる。絶叫をあげ悶え苦しむワンダーフレイヤは、この窮地から逃れ、黒鳥の魔女を倒せるのか！