武捜戦隊サイレンジャーは、サイレッド柴田陽奈を残して面子が一新し、新体制で活動を始めていた。そんな中、かつての体制のサイレンジャーに息子たちを逮捕され死刑にされた魔獣三兄弟の父グランデルGが、宇宙武器商人シェブラスを連れて地球にやってくる。その目的はサイレンジャーへの復讐。グランデルGはシェブラスの対サイレンジャー用の武器を使って、サイホワイトとサイブルーを捕まえるが、その顔を見てかつての子供たちを逮捕したサイレンジャーとは違うことを知る。その二人をシェブラスが引き取る。シェブラスの狙いは、宇宙中の犯罪者に憎まれているサイレンジャーの強化スーツをさらに分析し、完全な対サイレンジャーの兵器を生み出して宇宙中の犯罪者に売りさばくことだったのだ。そして広海と美雪を拷問のような人体実験にかける。一方、二人を探す陽奈は、魔人ナーガと戦うジャスティーウインドの三人に遭遇する。変身してジャスティーウインドを手助けするが、目の前でナーガを殺され、ジャスティーウインドを殺人で逮捕してしまう。ボスのターマ野崎の判断で釈放されたジャスティーウインドは、サイレンジャーと協力することを誓う。だが、功を焦った美穂が一度死んだと思われたナーガに捕まり、囮作戦も失敗し、陽奈と千恵も捕まってしまう。そして一人残った葉月の前には復讐に燃えるナーガが。絶体絶命の六人はこの危機を乗り越えられるのか。

雑誌記者の羽村優は妹の舞と街を歩いているときに怪人に襲われるが、女戦士ジャスティーエンジェルに救われる。そしてジャスティーエンジェルは優が記事にしたことによってスーパーヒロインとして民衆の支持を得ていく。だが優は、あるきっかけでジャスティーエンジェルが怪人を作っているのではないかと考えるようになり取材を始める。そのことに気づいた麗子は、悪の本性を現して優を捕らえて拷問にかけ、さらに怪人ピンクパピヨンに改造してしまう。麗子の命令で妹の舞を殺そうとしたピンクパピヨンだったが、舞の優に助けを呼ぶ声で記憶が蘇りかかり、混乱して舞を殺さずに姿を消す。記憶を取り戻した優が自分の脅威になるかもしれないと考えたジャスティーエンジェルは、優が記憶を取り戻して舞を見守っていると確信し、新たな怪人を作り出し舞を襲わせる。舞の窮地に現れたピンクパピヨン、しかし舞はピンクパピヨンを見て化け物と叫んで逃げていく。その言葉に戦意をなくして怪人に殺されかけるピンクパピヨンだったが、何かを感じて戻ってきた舞に助けられ怪人を倒す。ジャスティーエンジェルは、ピンクパピヨン抹殺のために舞を捕らえて人質にする。優は舞を助けるために麗子のところに向かうのだった。