銀河の平和を守る正義の戦士ギンガイガーは地球征服を狙う悪の帝国バゴーンと熾烈な戦いを続けていた。そんなある日、共和国元老院最高議長を誘拐しようと画策するバゴーンの奇襲を受ける。死闘の末バゴーンの怪人を追い詰めるギンガイガー。しかしギンガサターンのミスによって形勢逆転になり絶体絶命のピンチに！だが、突然漆黒のギンガイガーが現われ怪人を倒す。それはワープ航法の事故で死んだはずのギンガブラックだった！伝説のギンガイガーの帰還は共和国に希望をもたらすが、その裏で恐るべきバゴーンの計画が進行していた。そんな事は露も知らないアイカは偶然、街角でチンピラに襲われているサラリーマンを助けた。それがバゴーンの幹部メサイアとも知らずに。そして誘われるままに行きつけの居酒屋に向かう事になるのだった…。