ギンガイガーのメンバーはギンガジュピターこと春日マキの単独プレイに不信感が芽生えていた。そんなある日、マキの背信行為を決定づける画像が見つかる事に。それは悪の帝国バゴーンによる爆破テロの現場に残されたマキと父親であるバゴーンの戦闘員SK6との密会写真だったのだ！メンバー全体に不信感が募る中、国防省では新たなるプロジェクトが進んでいた。それはギンガイガーに変わる防衛の切り札として「ギャラクトライブ・スリー」という新たな戦隊チームを創設するという計画だったのだ！そのうえギャラクトライブ・スリーはメンバーのリーダーとしてギンガイガーのマーキュリーこと白木アイカをスカウトしようと画策。その様子を偶然見たマキはアイカと完全に対立する事に。全てはバゴーンの罠だと知らずギンガマーキュリーとギンガジュピターはついに対決する事に…。

悪の秘密結社バゴーンによる連続爆破テロが発生！至急現場に駆け付けたギンガイガーは最新戦術システムギンガネットと連携しバゴーンの怪人「エビル」を倒すが、エビルのマスクの下に隠されていたのはかつてギンガジュニアのメンバーだった安孫しげるだったのだ！自分の愛弟子であったギンガマーキュリーはバゴーンの手下になった安孫しげるとの再会に動揺するが、安孫の中に善の心が残っている事を信じようとする。しかし安孫の真の目的はわざとギンガイガーに捕まり、本部のマザーコンピューターにアクセスしてギンガネットの情報を盗み出す事だったのだ！愛弟子を守りたい一心のマーキュリーはついにギンガイガーと対立し、ギンガイガー同士の死闘に発展する。そして安孫は本性を現しギンガマーキュリーを悪の女幹部ネルビアに引き渡す。マーキュリーに裏切られたと思い込んだ安孫の積年の恨みがマーキュリーに襲い掛かる…。