宇宙連邦認定のキューティーハンター・リリィは1億ディラーの賞金がかかっている宇宙怪人、ウォンとテッドを地球まで追いかけ、激しいバトルをしていた。それを撮影だと思い観ている大学生の百合子…。リリィがピンチになり怪人に殴られているのを観て、思わずしゃしゃり出てしまう。案の定、ウォンとテッドに捕まり、百合子は食べられそうになる。助けに行くリリィ。しかし、どうすることも出来なくなりついに、ブレスレットを百合子に投げる！「ハンタークロスオン！！」大学生の百合子の身体が小さくなり、キューティーハンター・ユリコに変身したのだ！ユリコもリリィに協力し、何とかウォンだけ、倒すことに成功する。しかし、その背後にはテッドの赤い目が…。

【第三話：奇水る】奇怪な水が人々を襲いだす。その謎を解明すべく、ミステリー大好き女子校生の竹取美樹が立ち上がる。襲われた人々は、まるで操られるかのように、謎の人物ヘキルを捕まえようとする。ヘキルを守ろうとする美樹。しかし、頼りにしていた美人考古学者の神具谷麗子までもが、その奇怪な水に襲われてしまい、完全に孤立する美樹とヘキル。追い詰められたヘキルは、美樹の前で化け物に変化するのだった…。【最終話：怪獣る】怪獣となったヘキルが街に現れる。そんなヘキルを、遠くから眺める不気味な男がいる。自衛隊が出撃し、怪獣のヘキルを迎撃しようとする。何とかヘキルを助けようと、美樹と麗子は自衛隊に訴える。そんな美樹達を不気味な男が襲う。男は人間になりすました宇宙人で、敵対する宇宙人ヘキルを人間によって殺させようとしたのである。思惑通り、ヘキルが自衛隊の攻撃にさらされる。美樹達はヘキルを無事助けることが出来るのか？美樹とヘキルの間に生まれた友情の結末は？

ウォンを倒したものの、殺してしまい、賞金は手に入らずじまいのリリィ…。今度は何とか、テッドを生け捕りにしようと夜の街をさ迷い歩くが、見つからない…。そんな折、テッドは殺されたウォンの仇を討つべく、地球人を戦闘員に仕立て上げ、虎視眈々とキューティーハンターズ抹殺を狙っていた…。そして、まんまとリリィをおびき出すことに成功したテッドは、リリィを完全に制圧し、次はユリコの番だと、去っていく。テッドとユリコの対決！しかし、パワーアップしたテッドに痛めつけられていく。どうなるキューティーハンターズ！！テッドを捕まえることが出来るのか！！