女子校生の森野ことり、服部あずみ、日野まどかは人知れず正義の使者セーラーキャッツとして悪の秘密結社サタンゾーラと戦いを繰り広げていた。そんなある日、下校の途中であずみが先祖から受け継いだ手鏡について話していると手鏡を狙うサタンゾーラの戦闘員と遭遇し戦う事に。ところが突然謎のブラックホールが現れ三人は吸い込まれてしまう。意識を取り戻したことりたちがたどり着いたのは天正10年の堺の山中だった。タイムスリップの原因もわからず戸惑う三人、その時子供の悲鳴が響く！忍者に尋問されている子供を助けるためにセーラーキャッツは最新のハイテク武器で忍者を倒すが、その忍者は徳川家康の家来で歴史に出てくる神君伊賀越えの真っ最中だったのだ！成り行き上、家康の護衛を引き受けたセーラーキャッツは襲い来る甲賀忍者と戦いながら三河を目指す…。

偶然現れたブラックホールによって現代に戻れたことり達であったがセーラーキャッツの活躍によって歴史に微妙な変化が表れていた！徳川幕府は存在せず、明智幕府が江戸時代を支配する世界に変わっていたのだ。セーラーキャッツは家康の命を守るために再び天正10年に戻る決意をする！なんとか戻れたセーラーキャッツは間一髪の所で家康を窮地から救う事に成功。再び三河を目指す旅に出る。しかし、犬丸達甲賀軍はついに総力戦を開始する！度重なる戦闘でハイテク武器を失ったセーラーキャッツは甲賀軍に勝てるのか！そして家康を三河に送り届け、歴史を元に戻せるのか！

敵の女幹部ジェラルダにジャンヌピンクを人質に取られたジャンヌブルーは、大いなる邪悪な意志が主催する格闘大会に参加するためにバトルゾーンに送られる。そして時を同じくして様々な世界からバトルゾーンに5人の男女が到着する。ガイアレッド、仮面ソルジャー、獅子王丸、セーラーエース、ワンダークィーン、みな悪に人質を取られたスーパーヒーローとスーパーヒロインだった。そして大会の進行役として現れたジャッジマンが、その6人で殺し合いをし、最後に残った1人の人質だけを開放すると告げる。愛するものたちを守るために戦いはじめる6人。だがジャンヌブルーはガイアレッドと戦い、勝利を掴みかけるが、トドメをさせずに逃げてしまう。ルールを破ったとして、電気ショックで処刑されかけるジャンヌピンクの映像を見せられたジャンヌブルーは、ジャッジマンに許しをこい戦うことを決意する。一方、自分のためにジャンヌブルーが殺し合いをしていることに心を痛めたジャンヌピンクは、ジェラルダを挑発して、自分と戦わせることに成功する。だが、実力差は激しく、ジャンヌピンクはジェラルダにいいように痛めつけられる。そしてバトルゾーンでも戦い拒否した罰にエネルギーを半分奪われたジャンヌブルーが窮地に陥っていた。バトルゾーンで勝ち残るのは誰だ！そしてジャンヌブルーとジャンヌピンクの運命は！

夕暮れ近づく放課後の帰り道で、潮崎玲と天馬奈々子は邪悪な魔物達に無様なほどに痛めつけられ悶絶している黄色のセーラー戦士「セーラーデイジー」と出会う。二人は恐怖に立ち竦むが、玲と奈々子の体から正義の怒りの炎が湧き上がる…。彼女達は守護神セーラーエンジェルに導かれここに遭遇したのだ。セーラーデイジーこと花菱沙織は彼女達の能力に気付き、セーラー戦士に変身させる。青き戦士「セーラーリリー」と赤き戦士「セーラーローズ」が誕生した。二人は魔物を倒しセーラーデイジーを救うのだった。しかし、危険な魔物達との戦いに二人を巻き込みたくないセーラーデイジーは彼女達に冷たい態度をとるのだった。三人のセーラー戦士「セーラーエンジェルズ」が誕生したが、まとまらない絆…。そんな時、最強の魔物キャピタラスが眠りから覚める。その目的は若い十代のセーラー戦士狩りであった…！まずは、自分の肉体を成長させるため、すぐに熱くなるセーラーローズを狙うキャピタラス。彼女の弱点を突き、蜘蛛の巣の罠を仕掛け苦しめる。他の二人が助けにきてピンチを逃れるローズ。ついに魔物キャピタラスは魔女クイーンパピヨンに変態を遂げる。残忍で恐ろしい毒リンプン、電撃、吸血、魔界植物での攻撃でセーラーエンジェルズのクリスタルは壊されてしまう。変身解除され、情けない姿で魔物達に倒される事に脅える若きセーラー戦士達の運命は…！？