【第一話】遥か太古に地球を我が物にしようとし、神の力によって海に沈められたとする古代文明。一ノ瀬健一郎は、そのジャムー帝國が近い将来復活し、人類を滅ぼすと学会で訴え続けていた。しかし、その主張は相手にされず学会を追われてしまう。そんな時、健一郎の発表を信じる一人の女性が現れる。その女性は後に健一郎と結ばれる蛍子であった。ジャムー帝國の復活を阻止する為、二人は協力し合いマグナシステムの開発を進めていった。一方、ジャムー帝國復活のカギを握る女王ハイドラは、神が複数地球上に分散させた、帝王ジャムーの魂、ソウルクリスタルの回収を急ぐ！それから時が流れ、健一郎の娘である明菜がマグナシステムを使いマグナアクアとなり戦いを繰り広げていた。【第二話】健一郎の開発したマグナシステムを使いこなした光流。マグナフレアそして明菜と合体し、マグナイザー1となりハイドラが創り出したキャンサーを倒す事に成功する。幼少の時からマグナシステムの訓練を受けてきた明菜にとって、義理の妹である光流の存在は嬉しくもあり自分自身がマグナイザー1になる事が出来ないジレンマに駆り立てられていた。そして光流は、母親である蛍子が亡くなり何故に健一郎のもとに来たのかを知る。自分の存在価値に疑問を感じた明菜の前にハイドラが創り出した第二の敵が現れる。明菜は「これが最後の戦い」と心で呟き戦う事を決意するが…。

20XX年…未来の地球は戦国だった。妖魔使いのグルドはこの世を牛耳ろうと退魔忍者一族を壊滅させ、最後の生き残りキリサは一人で戦うこととなる。だがキリサ一人の力では妖魔たちに勝てないと思い、キリサは最後の手段…過去に行ってグルドの祖先を暗殺しこの世を正そうと異次元空間から過去に遡ることになる。そこで会ったのは退魔忍者の祖、越島美央。一方、グルドもキリサの考えを読み過去へ遡ることになる。グルドに瓜二つの轟満男を見つけたが…妖魔が前に立ちふさぐ。キリサ・美央VS妖魔の壮絶な戦い。

若葉、美里、愛子は、昼は教育係たちの陰湿なシゴキ、そして夜はエリートの特訓を受けるという日々を続けていた。そして若葉に教育係の魔手が迫ったとき、エリートに後押しをされ、3人はそれぞれ自分の教育係と対決することを決意する。家族を殺された戦闘員の拷問を受け続けてきた真弓だが、助けにきた若葉の一言で全てをふっきり、やはり対決することを決意する。そして若葉、美里、愛子もエリートに授かった戦法を胸に、それぞれの教育係の所へ向かう。果たして4人の運命は！

グルド達はキリサと美央の合体技でやられることに。一方、キリサと美央は妖魔達を完全に倒すべく鍛錬し技に磨きをくわえていた。グルドは妖魔を未来から何体もつれて帰ってくるようにタイムマシーンの世界的権威、芳村と接近を図るのだが…キリサ達は先に気づき芳村と入れ替わっていた。囮役の美央は妖魔にやられアジトにつれられ泡等で攻撃をされる…。心配するキリサは必死で美央の行方を捜すが…妖魔のアジトではグルドと加代子で争いが起こり妖魔使いの頭に加代子がたつことになる。美央が拷問室を脱走し、キリサと落ち合い安心も束の間、妖魔使いの加代子は妖魔ゲル・ゴキを引きつれ待ち伏せていた。

家出少女・ピエロ、彼女をタマと名付け拾った女探偵・麗川奈央。二人のかみ合わない共同生活に平穏は訪れなかった。ピエロは10代の少女7人のみで構成され、政界の人間を次から次へと暗殺するテロ集団・クラインサーカスの一員だった。そして、それから間もなくピエロの実の姉であるリーダーが、裏切り者であるピエロの捕獲に猛獣使いとビーストの二人を刺客として送り出したのだった。