ギャルルーンの手引きによって暴走状態となったまりあに対し、伝説の忍者ライデンマルの力を召還して撃退した新たなレッドウィンドのヒカリ。これでジャスティーウィンドは5人揃い、再びヴィランたちを追跡しようとするも、再びギャルルーンの力でグリーン、ホワイト、ゴールドはそれぞれダークルージュ、まりあ、デッドロールと強制的に異世界で一対一のバトルを迫られる。一方ダークルージュに捕獲されたレッドとマイティー…。ヴィランたちがこの世界へやってきた理由とは？ジャスティーウィンドは彼女たちをソーゾー界へ送り返すことができるのだろうか？！

ヒーローやヒロイン、アイドルに魔法使い、そして悪役…みんなが大好きなキャラクターたちが住んでいる「ソーゾー界」から、悪役達が現実世界へ脱走してしまった！それを追って5人の戦士たちが現実世界へやって来る。彼女たちの名は「忍者特捜ジャスティーウィンド」！しかし、リーダーであるレッドウィンドが謎のトラブルで異世界へ飛ばされてしまい、残りの4人は、レッドに託されたパワーストーンの力を引き出せる“現実世界のレッドウィンド”を探し出さなければならない。けれど新たなレッドウィンドに選ばれたのは、冴えないダメダメ女子大生！？果たしてジャスティーウィンドは悪役達を無事に再び元の世界へ送り戻すことができるのか！？

孤高のテロリスト・カスミによって病院から連れ去られたメイは、新細胞の研究者・マコの居場所について尋問を受ける。体中を針で刺されながらも、警護官のプライドにかけて口を割らないメイ。そこへ収容所から脱走したジンが姿を現す。ジンの冷たい殺気に危険を感じるカスミであったが、目的を遂行するためにも邪魔なジンに襲い掛かり、実力者同士の壮絶な戦いの隙を突いて脱出するメイはリオと合流し、再びマコの救出作戦に乗り出すのであった。チームガルーダ、銀の牙、カスミ、ジンの思惑が絡み合う新世紀超ハードボイルドアクションドラマのクライマックス！！魂を燃やし尽くす戦いの終末は…。

現実とはほんの少し違う別の世界…。世界は戦争により東西にわかれ、それぞれが互いの主張を掲げながらそれぞれの平和という道を歩んでいた。前回のサイボーグ事件から数ヵ月後。病気や老齢で弱った体を修復する新細胞を開発する西側の大企業「ミツオカ製薬」の重役が暗殺され、その被害はリオの友人で新細胞の研究者・マコにまで及んだ。再び要人警護の任に就くリオとメイ。しかし、マコを狙うテロリストは1人だけではなかった。走行中の車を突如襲う謎の武装兵たち。飛び交う銃弾の中の戦闘。何とかマコを守りきったと思ったその時、冷たい瞳の美しい暗殺者が彼女達に襲い掛かる。マコが狙われる理由とは？テロリスト達の正体は？そして、全ての謎を知る男は音も立てずに収容所から脱走するのであった…。