闇の妖精に美少年の林狼が連れ去られた！桜花が闇の妖精の過去に同情し、封印しそこなった事に怒る狼の姉の林蘭…。再び桜花と蘭の間に亀裂が生じる！桜花を溺愛する美少女の智美は林狼を助けに行くと同時に恋心を覚える桜花にやきもちをやく？？？少女達の間に奇妙な三角関係が…。そして、また封印される事を恐れる闇の妖精は治癒の妖精を使い、思春期の少女達が最も嫌がるウネウネネトネトする触手で、桜花のまだ女性として発育途中の身体をギュウギュウと締め付ける。天元寺智美の実家が開発した天元寺財閥特製の強化レオタード一枚の哀れな姿にされた桜花は思わず「助けて…」と声を漏らしてしまう…。苦しく辛い少女達と邪悪な妖精達との戦いの結末は…！

日之本桜花はフェアリーキャプターとして妖精を封印する戦いの日々を送っていた。そんな中、親友の天元寺智美が雷の妖精に襲われているところを救い出し、雷の妖精を封印することに成功する。そして桜花の秘密を知った智美は、桜花の手伝いをすると言いだし、コスチュームなどをプロデュースしはじめる。智美と二人三脚で戦い始めた桜花はある日、土の妖精を封印しようとする。だが2人の前に美少年の林狼とその姉でフェアリキャプターの林蘭が現れ、土の妖精を封印してしまう。林狼に一目ぼれした桜花は、2人と共闘しようと提案するが、それに嫉妬した智美は、共闘など不必要と証明するために、1人で火の妖精を封印しに出かけてしまう。それを狼から聞いて智美のところに駆け付けた桜花と狼、そして遅れて駆け付けた蘭の4人は、これまでの妖精の中では圧倒的に強い火の妖精に対して力を合わせて封印することに成功する。だが、そこに妖精たちのボスともいえる闇の妖精が現れ、4人に襲いかかる。窮地に追い込まれた桜花は、これまでに封印した妖精の力を使えるようになり反撃にうつるが、闇の妖精の心の声を聞いたことで封印を躊躇してしまう。そのせいで闇の妖精を逃がした上、狼を拉致されてしまい、蘭との仲も再び険悪になってしまう。

左胸を負傷しながらも辛うじてツリガネイズマを倒したMISSのエージェント、ミネルバこと九条陽菜…しかし肉体の負傷と体力の消耗が激しかった。彼女は友人である沢尻刑事に援助され、そして秘密にしていた全てを語りだす…。そして悪に洗脳された超能力（フォース）を持つ美少女、美月零を悪の毒牙から救わなければならなかった。陽菜の前に現れた洗脳された零。そして新たな怪人ヒトデイズマ、そして零の悪のフォースが陽菜の首を絞め電撃が肉体と負傷した左胸を襲う！ヒトデイズマのヒトデ攻撃がミネルバに変身したマスクの顔面にへばり付き視覚を奪う。それを良いことに姑息なヒトデイズマはミネルバをボコボコに痛めつけるのだった…。気絶したミネルバはアジトに捕獲されMISS（秘密なる完全なシークレットサービス）の情報を吐かせる拷問にかけられる。ヒトデイズマはミクロ化し陽菜の口内から身体の中に寄生し陽菜を拷問する。気が狂いそうなほどの激痛に陽菜がその鍛え抜かれた肉体をヒクヒクと痙攣させながら確実に彼女の肉体精神は限界点に来ていた…。一方、零は陽菜の悲鳴を聞きながら正義と悪の判断に胸を痛めていた。ミネルバ九条陽菜の絶体絶命ピンチを救えるのは、零の心にわずかに残った良心の灯火だけだった…。

Mystic Integral Secret Service（秘密なる完全なシークレットサービス）略称MISS。悪の集団エゴイズマの暗殺から要人を守るために生まれた世界的組織。特殊強化スーツに身を包み変身前の正体は誰にも明かしてはならない。九条陽菜、ここにも一人ひたすら正体を隠し邪悪なエゴイズマと戦うMISSがいた。コードネームはミネルバ。彼女がエゴイズマの戦闘員達との戦いの直後、レオタード一枚で路上をさ迷う、美少女と出会ってから物語は動きだす…。まだ、14歳の美少女の名は美月零。超能力を秘めた肉体を狙われていたのであった。陽菜は零を守るために懸命にエゴイズマと戦うが、女幹部イルザーが仕向けた鉄の怪人ツリガネイズマは強かった！そして、ツリガネイズマこそが零の記憶を消しエゴイズマの超能力兵士として洗脳しようとしていた怪人であった…。陽菜の怒りと正義の気持ちが正体を明かしてはならないMISSの規則を破らせミネルバに変身するのだった！しかし、変身前に受けた左の胸のダメージが強化スーツに身を包んだ陽菜の肉体を苦しめる…。ツリガネイズマとの戦いに敗北したミネルバはMISSの情報を聞き出させる拷問を受け、そして零の洗脳は再開される…。果たして二人の運命は…？！

ミルフィーナとして戦うことを決意した純とそらは、アークとの激しい死闘の中で、仮面の外れたアークの素顔を目撃する。その素顔を見て驚く星子。アークは怒りを爆発させ、その衝撃で吹き飛ぶシエルと星子。だが、ハートだけは自らのパワーで激しいその衝撃を弾くのだった。今までとは明らかに違うハートのパワーに訝しがるダマックに、ダイボロスの命が下る。“目標変更、倒れている新たな戦士を連れてこい”…ハートの反応も虚しくシエルはダマックに連れ去られてしまう。傷心し、マーブルたちの待つ部屋へ戻ってくる純と星子。敵の狙いは、戦士に宿る超エネルギーが凝縮された結晶なのではと予想した星子の話を聞いた純は、自らの力を引き出すため星子に修行を申し出る。厳しい修行を重ねる純と見守る星子。不意打ちで現れたダマックとアークに苦戦しながら戦うハート。さらにそこに現れる新たな敵。驚くハートと星子の視線の先には、シエルに似た仮面の戦士が立っていた。容赦なく襲ってくるその仮面戦士と戦うハート。ハートの一撃が戦士の仮面を捉えると、そこにはまぎれもないシエル本人がいたのだった。激しく動揺するハートに、シエルとアークが二人がかりで襲ってくる。防戦一方のハート、二人の怒涛の攻撃に激しく痛めつけられてしまう。たまらず星子がハートを促して退却するのだった。果たして、ハートは悪の化身と化したシエルから、世界を守ることができるのだろうか？『大切な親友』と『世界』どちらか一方を選べと言われたら？悩んだ末に純が選んだ決断は…。

女神サクレから聖なる力を授かった御子柴光は、街と大切な妹・麗を守るために魔物と戦い続けてきた。世界が闇に包まれる事を願い、様々な魔物を復活させる悪の女幹部ダンジェール。しかし、魔物を復活させる度に美少女仮面エクレールに邪魔をされていた。ダンジェールはかつて女神サクレに封印された魔女モーヴェルを復活させようと企む。モーヴェルは、復活するために自分の魂が乗りうつる事のできる生きた女を連れて来るようダンジェールに命令する。ダンジェールはエクレールと関係が深いと思われる麗を捕まえ、モーヴェルに差し出すのだった。麗の体に乗りうつったモーヴェルは、女神サクレへの復讐の手始めとしてエクレールを殺す事を考える。モーヴェルからのテレパシーで麗が捕らえられた事を知った光は、大切な妹を守るために美少女仮面エクレールとなり敵のもとへ走る！エクレールの前に現れる人質となった麗。麗を助けるため、敵の思うがままに痛めつけられたエクレールは、満身創痍になりながらも反撃のチャンスを掴み、魔物を倒して麗を助けたかのように見えた…。が、なんと麗はエクレールに襲いかかるのだった！驚いたエクレールはふいをつかれ、絶体絶命のピンチに陥るも謎の光に包まれ何とかその場を逃れる。慌てるダンジェールにモーヴェルは、「またこの体を取り戻すために再び戻ってくるはずだ」と言い放ち不敵な笑みを浮かべる。再び敵の前に姿を現すエクレール。モーヴェルが乗りうつっているため、最愛の妹に手を出すことができず、ひたすら敵の攻撃に耐えるエクレール。「耐えていれば必ずチャンスは来るはず…」死の淵にまで追い詰められたエクレールは朦朧とする意識の中で麗の叫び声を聞く。麗の叫びにより覚醒したエクレールは、手下たちを倒し、麗に乗りうつっているモーヴェルと向き合うと女神サクレから聞いた禁断の技を使う事を決意するのだった。愛する妹を助け出すため命をかけたエクレールの反撃がさく裂する！！大切な妹を守りぬいた光の運命は…。

かつて二人の戦士“ミルフィーブランシュとミルフィーソレイユ”が、巨大な悪ダイボロスを封じ込めた。しかし、封印は長くは続かず、復活したダイボロスに二人は敗北。ブランシュは、ミルフィーナの力を失い、ソレイユは行方不明となってしまうのだった…中学生の浅倉純と大澄そらは、ある日通学途中に不思議な妖精たちと出会う。ぬいぐるみのように可愛らしい姿の妖精たちのいきなりの出現に驚く二人だったが、話を聞くと悪の化身ダイボロスに故郷を追われこの世界に逃げてきたという。同情する純とそらの前に突然悪の女幹部ダマックが現れる。妖精たちを渡せと言われる二人だが、妖精たちの故郷を襲った悪だと知った純とそらは、ダマックから妖精たち（クッキーとマーブル）を守ろうとする。ダマックは、攻撃を逃げ回る二人に苛立ち、悪の魔物シバクゾーを召喚する。純とそらは、必死に妖精たちを守ろうとするのだが圧倒的なシバクゾーのパワーに追い詰められていくしかなかった。そんな二人の心に戦士としての素質を感じたクッキーとマーブルは、純とそらに戦う力を与える。その力によってミルフィーナに変身した二人は、漲るパワーに戸惑いを隠せない。襲い掛かってくるシバクゾーを協力して倒す純とそら。恐ろしい魔物を自分たちの手で倒したハートとシエルは、歓喜し、この世界を守るために戦うことを決意するのだった。

妹・弥生の助けもあり、スーパーメタルビュートとなってアマテロスの騎怨獣を倒した神武日美子だったが、自分の体が生身の人間ではなくなっていることに気付いてしまう。そのことを父である神武博士に話し、真実を告げられた日美子は、みなの前では気丈にふるまうが、弥生と二人きりになり「今だけ泣かせて」と妹の胸で泣き崩れる。一方、アマテロスの副官スガノオは、日美子に苦しみを与えてから殺してやろうという邪悪な策略を立てていた。騎怨獣の出現を聞き、スカイラル号で出撃する弥生。日美子もスーパーメタルビュートになって戦おうとするが、スガノオが邪魔をする。弥生はスカイラル号で戦いながら、姉が変身できるチャンスを待つが、騎怨獣に捕まり気絶して敵のアジトに拉致されてしまう。スガノオは妹を人質に取られて戦えない日美子を痛めつけ、去っていく。そして基地に戻った日美子のもとに、カプセルに入れられた弥生の映像が届く。日美子は決死の覚悟で弥生を助けに向かうが、そこには日美子を苦しめるための卑劣な罠が待っていた。［HAPPY END］

現代忍者たちにも伝わる「黄金の秘宝」伝説。それには莫大で強大な財宝の秘密も隠されているという。「黄金の秘宝」を狙って闇の組織イロードが再び暗躍を始めた。忍者特捜ジャスティーウインドのメンバーたちに秘宝の手がかりとなる巻物をイミテーションと交換せよとの指令が下される。味方の保管施設に潜入するジャスティーウインドのメンバーたちの前に巻物を手にしたイロードのガマ魔忍ゲルゲッソー一味が現れる。ジャスティーウインドに変身して戦う三人。戦いの中、隙をついてゲルゲッソーから巻物を奪うレッドウインド。巻物をブルーウインドにパスし、ブルーウインドはその場を離れる。が、巻物を追うゲルゲッソーに追いつかれ、敵に取り囲まれてしまう。ブルーウインド一人で、ゲルゲッソー一味と戦うのだが、ゲルゲッソーの舌攻撃の前に苦戦して絶体絶命のピンチに陥ってしまう。そこに謎の青年忍者が現れ、ブルーウインドは助けられなんとか難を逃れるのだった。しかし、その戦いの中で本物の巻物が行方不明になってしまった。奪われた可能性がある巻物を取り戻そうと、三人は手分けして情報を集めるのだが…。

復活した妖魔台国の女王は巨大騎怨獣を出し、世界征服を企む！神武日美子は戦うが瀕死の重傷を負い、サイボーグ“ヒミコ”として生まれ変わった！愛らしい妹の弥生もスカイラル号を操縦しヒミコを助けるのだ。拳を合わせ無敵のサイボーグに変身し、戦闘軍団を倒すが、巨大騎怨獣のレーザー光線で苦しみ傷つくヒミコ…だが、スカイラル号から巨大ロボ“メタルビュート”の手足胴体が飛び出し合体する。ヒミコは、巨大ロボの頭に変形し、巨大ロボを操り巨大騎怨獣を倒す！だが、神武日美子は女性としての幸せを無くし、サイボーグとして生きる事に苦悩を感じるのだった…。