現実とはほんの少し違う別の世界。人類はこの世界を東西に二分し、お互いの主張を掲げながら、互いに奪い合い、そしてそれぞれの意味する平和と言う形へ歩んでいった。東側のテロ行為に対抗するために西側は特殊要人警護チームを創設。その中でも前線で常に活躍し、実績を上げるチーム・ガルーダに所属するリオ、メイ、ジンは新たな任務として、東側から亡命してくるロボット工学の権威・天利博士の護衛を命じられる。博士と合流したものの、行動は常にテロリスト達に筒抜けており、さらにそのテロリスト達は銃弾さえも弾き飛ばす鋼鉄のサイボーグであった。サイボーグと戦うリオとジン。しかし、一瞬の油断からリオを庇ったジンが銃弾に倒れてしまう。そして、巨漢サイボーグ・グールの登場でさらにピンチに追い込まれるリオ。一方で博士と逃亡を続けるメイの前にも一人の男が立ちはだかる…。

ブルーウィンドとホワイトウインドから『和の力』について聞き出すことに失敗したファングガールとアマゾンレディー。一向に手がかりを得ない状態の中、アメコミ軍団のリーダーであるブレイクウーマンがようやく日本に上陸した。圧倒的な強さと刀をもはじく耐久力、そして傷ついても復活する不死身の肉体を持ったブレイクウーマンはマイティーウィンドを一方的に痛めつけ『和の力』の手がかりとして捕獲していくのであった。互いに打ち解けあえず、個人主義に走る風香、翔子、舞姫の三人であったが、それぞれ深空に心のよりどころを求めていた彼女たちはようやくひとつの目的のために集結し、最終決戦へと向かっていく。ホワイトウィンドVSアマゾンレディー、ブルーウィンドVSファングガール、そしてレッドウィンドVSミスタランチュラ。互いのプライドをかけてぶつかり合うジャスティーウィンドとアメコミ軍団！！果たして勝利し『和の力』を手に入れるのはどっちだ？！

平凡な女子校生・月島舞はふとしたことから謎の女性ミスティーリリーの手によって秘密結社デビルファングの魔の手から救い出される。平和に暮らしたければ自分のことを忘れろと告げたミスティーリリーに何かを感じた舞は、次の日からひたすら彼女を探し、街を彷徨うのであった。そして、偶然見かけたデビルファングの戦闘員の後をつけていった舞は、怪人・タランゴに見つかり、絶体絶命の危機に陥る。しかし、そこへまたもミスティーリリーが現れ、命を救われた舞。ミスティーリリーは圧倒的な戦闘力で戦闘員達を蹴散らし形勢逆転するも、巨大クモによって舞が人質に取られてしまう。何も抵抗できずにタランゴの牙によって体中を噛みつかれ、巨大クモのエネルギー波で苦しみのた打ち回るミスティーリリー。その時、見ず知らずの自分のために身を犠牲にするミスティーリリーを救いたいと思う舞の心が、隠されていた彼女の力を発動させた。舞の体は光に包まれ、戦士・キューティーローズへと変身する！

突如日本に上陸した謎の軍団！マイティーウィンドを襲う彼女たちはこの地へ『和の力』を探しに来たという。3対1と圧倒的不利な状況から抜け出したマイティーウィンドこと夜咲深空は、ミスタランチュラの毒を受け森の中で意識を失うも、通りかかった女子校生・火刃風香によってかくまわれ、一命を取り留めるのであった。偶然出会ったと思われた二人であったが、実はお互いが先祖代々引き継いできた伝説の刀によって引き合わされたものであり、この刀を持つものこそジャスティーウィンドへと変身する力を持つのである。しかし、まだそのことを理解していない風香を戦いに巻き込むことを恐れた深空は何も語らずに風香の家を出て行ってしまう。その後、深空を急襲するミスタランチュラの蜘蛛糸で全身を締め上げられ、もはや絶体絶命のピンチに！しかしそこへ助太刀に入ったのは、わけもわからずにレッドウィンドへと変身を遂げた風香であった。風香の予想外の善戦によりミスタランチュラを退けた二人は、同じ刀を持つ仲間を探すことに。だが、ようやく見つけた仲間は一筋縄では行かない個性を持った女の子たちであった。誰にも心を開かず、他人を信用しない孤児の翔子。お嬢様育ちゆえのわがままさで自我の強い舞姫。全員集結したかに思えたジャスティーウィンドは空中分解の危機に…。そして、同じころファングガールとアマゾンレディーが彼女たちに襲いかからんとその牙を研ぎ始める…。

謎の変身を遂げ、デビルファングの怪人・タランゴを倒した舞のもとに女怪人・ジラルバが現れた。一方、舞の危険を察知したミスティーリリーは救出へと向かうが、その前には宿敵・ワラルツが立ちはだかる。互いに変身し、それぞれの敵と戦うキューティーローズとミスティーリリー。しかし、ジラルバの陰湿な攻撃の前にキューティーローズは倒れ、ミスティーリリーも隙を突かれてピンチに陥ってしまうのだった。大蛇に巻きつかれ、締め上げられていくミスティーリリー。そしてキューティーローズは体中をおぞましい蟲に吸い付かれ、エネルギーを奪われていく。ジラルバによって知らされる姉妹の秘密、妹を庇うミスティーリリー、衝撃の事実に戸惑うキューティーローズ。肉体と精神が追い詰められたとき、二人は心のリミッターから解き放たれる！

ある日下校途中の琴乃（渡辺未優）は稲荷神社の前を通りかかり、一人の少年と出会う。琴乃は、成り行きで少年を家まで送るが、その家は数年前から人が住んでいない空き家だった…。その後、琴乃と友人達はその家で起きた陰惨な殺人事件を知ることになる…。少年はその事件に巻き込まれた被害者だったのだ。事件を知り琴乃はまだ発見されていないという少年の遺体を見つけて供養しようと行動するが、友人の有子（小林ちえ）と綾香（永瀬はるか）は肝試しのつもりで家に忍び込み、コックリさんを通じて少年の霊と交信しようとする。しかし、こっくりさんによって呼び出されたのは、殺人事件を起こした少年の母親だった…。琴乃に憑依した母親の姿に驚いた有子は10円玉から手を離してしまい、霊を解き放ってしまう…。

現実とはほんの少し違う別の世界…。世界は戦争により東西にわかれ、それぞれが互いの主張を掲げながらそれぞれの平和という道を歩んでいた。前回のサイボーグ事件から数ヵ月後。病気や老齢で弱った体を修復する新細胞を開発する西側の大企業「ミツオカ製薬」の重役が暗殺され、その被害はリオの友人で新細胞の研究者・マコにまで及んだ。再び要人警護の任に就くリオとメイ。しかし、マコを狙うテロリストは1人だけではなかった。走行中の車を突如襲う謎の武装兵たち。飛び交う銃弾の中の戦闘。何とかマコを守りきったと思ったその時、冷たい瞳の美しい暗殺者が彼女達に襲い掛かる。マコが狙われる理由とは？テロリスト達の正体は？そして、全ての謎を知る男は音も立てずに収容所から脱走するのであった…。