20XX年…未来の地球は戦国だった。妖魔使いのグルドはこの世を牛耳ろうと退魔忍者一族を壊滅させ、最後の生き残りキリサは一人で戦うこととなる。だがキリサ一人の力では妖魔たちに勝てないと思い、キリサは最後の手段…過去に行ってグルドの祖先を暗殺しこの世を正そうと異次元空間から過去に遡ることになる。そこで会ったのは退魔忍者の祖、越島美央。一方、グルドもキリサの考えを読み過去へ遡ることになる。グルドに瓜二つの轟満男を見つけたが…妖魔が前に立ちふさぐ。キリサ・美央VS妖魔の壮絶な戦い。

グルド達はキリサと美央の合体技でやられることに。一方、キリサと美央は妖魔達を完全に倒すべく鍛錬し技に磨きをくわえていた。グルドは妖魔を未来から何体もつれて帰ってくるようにタイムマシーンの世界的権威、芳村と接近を図るのだが…キリサ達は先に気づき芳村と入れ替わっていた。囮役の美央は妖魔にやられアジトにつれられ泡等で攻撃をされる…。心配するキリサは必死で美央の行方を捜すが…妖魔のアジトではグルドと加代子で争いが起こり妖魔使いの頭に加代子がたつことになる。美央が拷問室を脱走し、キリサと落ち合い安心も束の間、妖魔使いの加代子は妖魔ゲル・ゴキを引きつれ待ち伏せていた。

忍者の末裔であるマトラは、なんとか師匠から最終奥義を教えてもらおうと、修行に励んでいる。しかし、簡単にはいかない。そんな時、5年ぶりに師匠の前に姿を現したキサラ。マトラの姉で、5年前に姿を消していた彼女が帰ってきた。訝しがる師匠・半蔵。半蔵の目に入ってきたのは、悪の呪いに犯されたキサラの左腕だった。半蔵が捕らわれたことを知ったマトラ、師匠の許に急ぐ。行く手を阻む忍者たちをなぎ倒し、ついに敵のアジトに辿り着いたマトラを出迎えたのは、姉・キサラの強烈な攻撃だった。最終奥義を廻る、熾烈な争いの末にマトラが手にいれたものは…？