人類を滅亡に導こうとする魔竜一族の怪人に襲われた火帆、風香、光希、水那の剣四姉妹。長女の火帆と次女の風香は全身を、三女の光希は腕を、四女の水那は両足を機械にして、サイボーグ戦士バイオニックフォースとなり魔竜一族と熾烈な戦いを繰り広げていた。そんなとき、行方不明になっていた水那の親友、真姫を見かけて追いかける。後を負った水那の前に現れた真姫は、水那への歪んだ愛情と、自分が魔竜一族の一人、魔姫だと告げて、部下の雷亜、呪花、音念の3人とともに水那に襲い掛かる。水那は魔姫と全力で戦えずに敗北し、激しい拷問を受けるのだった。

ギンガイガーのメンバーはギンガジュピターこと春日マキの単独プレイに不信感が芽生えていた。そんなある日、マキの背信行為を決定づける画像が見つかる事に。それは悪の帝国バゴーンによる爆破テロの現場に残されたマキと父親であるバゴーンの戦闘員SK6との密会写真だったのだ！メンバー全体に不信感が募る中、国防省では新たなるプロジェクトが進んでいた。それはギンガイガーに変わる防衛の切り札として「ギャラクトライブ・スリー」という新たな戦隊チームを創設するという計画だったのだ！そのうえギャラクトライブ・スリーはメンバーのリーダーとしてギンガイガーのマーキュリーこと白木アイカをスカウトしようと画策。その様子を偶然見たマキはアイカと完全に対立する事に。全てはバゴーンの罠だと知らずギンガマーキュリーとギンガジュピターはついに対決する事に…。

悪の秘密結社バゴーンによる連続爆破テロが発生！至急現場に駆け付けたギンガイガーは最新戦術システムギンガネットと連携しバゴーンの怪人「エビル」を倒すが、エビルのマスクの下に隠されていたのはかつてギンガジュニアのメンバーだった安孫しげるだったのだ！自分の愛弟子であったギンガマーキュリーはバゴーンの手下になった安孫しげるとの再会に動揺するが、安孫の中に善の心が残っている事を信じようとする。しかし安孫の真の目的はわざとギンガイガーに捕まり、本部のマザーコンピューターにアクセスしてギンガネットの情報を盗み出す事だったのだ！愛弟子を守りたい一心のマーキュリーはついにギンガイガーと対立し、ギンガイガー同士の死闘に発展する。そして安孫は本性を現しギンガマーキュリーを悪の女幹部ネルビアに引き渡す。マーキュリーに裏切られたと思い込んだ安孫の積年の恨みがマーキュリーに襲い掛かる…。

愛する友人たちを殺した魔女ノイーザと戦う力を欲しいと強く願ったことで、サクラ・ピチカートに変身する能力を手に入れた花音美悠。激しい戦いの日々の中、ノイーザを後一歩のところまで追いつめるが逃げられてしまう。一方逃げられはしたがダメージを負ったノイーザは、サクラ・ピチカートへの憎しみを叫ぶ。その憎しみの声に引き寄せられ、邪神グローンが現れる。邪神グローンの力を借りて、罪もない女性を殺して作り出した何度死んでも蘇る女戦闘員に敗北し、ノイーザに囚われの身となったサクラ・ピチカートは、その肉体にこれまでの恨みと苦痛を刻み込まれる。ダメージを負いながらも脱出してノイーザを倒すが、それは新たな恐怖を生み出す。最悪の敵がサクラ・ピチカートに今、襲い掛かる！

普通の女子高校生だった速水岬は、公園で女性がガムラ星団の怪人ニードラに襲われている所に遭遇し助けた勇気を地球に認められ、ブルーマーメイドになる力を授かる。偶然その場に居合わせた岩倉博士の協力を得てニードラを倒した岬は、アースファイターとして戦うことを決意する。一人ガムラ星団と戦い続けるブルーマーメイドの前にニードラの上官の幹部鉄鬼ティガールと、女幹部妖姫デボーラとその部下リリアが現れる。ニードラを倒され怒り狂うティガールとの戦いに敗れた岬は、壮絶な拷問を受けるが、デボーラの気まぐれによって解放される。だが、その満身創痍の岬にティガールが再度襲い掛かる。絶体絶命の岬の危機を救ったのは、レッドドラゴンとイエローグリフォンだった。二人の協力を得てティガールを倒したが、二人はアースファイターとして戦い続けることはできないとブレスレットを渡して去ってしまう。不安を感じながらも、新たなレッドとイエローが見つかるまで一人で戦い続けることを決意する岬に、妖姫デボーラが襲い掛かる。岬は一人でデボーラとリリアを倒せるのか！？

レッドドラゴン、イエローグリフォン、ピンクフェニックスのアースファイターの3人は、悪の組織ブラッククロスと戦い続けていた。ピンクフェニックス・鳳桃香は、女戦闘員になりすまし基地に潜入することに成功する。だが、そこには逃げ帰ってきた女戦闘員に罰を与えようとする女幹部ダークプリンセスが待ち構えていた。女戦闘員たちを処刑しようと襲い掛かってきた女怪人に反撃し正体を明かした桃香は、ピンクフェニックスに変身しようとするが、ダークプリンセスに変身ブレスレットを破壊されて変身不能になり捕らえられてしまう。潜入したまま連絡が取れなくなった桃香を心配したレッドとイエローは、見習いのブルーマーメイドとともに桃香の行方を探るが、見つけることはできないでいた。その頃、ダークプリンセスは、桃香から拷問で情報を引き出すことをあきらめて、ブラッククロスの一員にしようと洗脳を行っていた。そして拷問で弱った桃香は、洗脳に耐え切れずに女戦闘員になってしまう。戦いに出撃しマスクをはがされた桃香は、正体を知って戦えないレッドとイエローを殺してしまう。一人戦うブルーマーメイドも、桃香に助けを求めながら怪人に殺されてしまい、その死体をみて、正気に戻る。ピンクフェニックスに変身もできずダークプリンセスに戦いを挑むが、女戦闘員の姿では勝てるはずもなく、気力を振り絞ってダークプリンセスを倒すが力尽きて怪人に殺され、アースファイターは全滅してしまうのだった。