DNJ-02との戦いに勝利したものの、波動砲の使用によって燃料切れを起こしたアイはメグミの目の前でサイボーグ兵にさらわれてしまった。大日本重工専務・甲本の手によって体をバラバラに分解されてしまうアイ。そして彼女はコンピュータウィルスを受け記憶を失ってしまう。一方、アイを救出したいメグミはマシンキットを背負い、単独で大日本重工へ向かうのだが、そこに立ちはだかるDNJ-03とDNJ-04の前に撃沈。捕らわれ、甲本によって陰湿な拷問を受けるのだった。苦しみに耐えるメグミの前に現れたのは、なんと洗脳されたアイであった。二人の友情は非道な大人の手によって引き裂かれてしまうのか？超破天荒サイボーグ戦争ついに最終決戦へ突入！！！！！！！

現実とは少し違う世界の話。今や世界一の国力を持つ大日本連合共和国では、アスリート達が従来のスポーツのあらゆる記録を大きく塗り替えているという。大日共のスポーツを取り締まる組織・JSAも海外からの疑念の声に押され、その真相解明に乗り出そうとしていた矢先、調査団の行方がわからなくなってしまった。調査団が見たもの…それは様々なスポーツに特化して改造された女性型サイボーグ「アスリートロイド」の姿。そして、アスリートロイド軍団の活躍を宣伝広告とし、大日本重工専務・甲本は軍事用強化ロボットの世界シェアを狙うのだった…。時を同じくして登校中に出会う二人の女子校生・浅丘愛（アイ）と浅丘愛（メグミ）。同姓同名の読み違いという運命のいたずらが二人を翻弄し、手違いから全身サイボーグ化の手術を受けてしまうアイ。そして本当は志願してサイボーグ化されるはずだったメグミはアイを慰めつつも、彼女を本来の目的であるアスリートロイド壊滅作戦へと参戦させる。鋼鉄のマシンハンドを振り回し、火花を上げるロケットパンチ、トゲトゲボールが宙を舞い、足裏コークスクリューが血しぶきを上げる！問答無用の破天荒アクション！全身凶器の体を駆使した女達の戦いが今始まる！！

悪の秘密結社バゴーンの幹部メサイアは地球征服計画の最大の障害であるギンガイガーを倒すために、恐るべき計画を長年に渡って進行していた…。孤児院からその素質を認められギンガジュニアで育ったギンガジュピターこと、マキにとってギンガジュニアは懐かしい故郷そのものだった。そんなギンガジュピターの心に影を落とす出来事が起こる。ある日、マキは長年離れて暮らし影ながら見守ってきた実の父親と会うことになり、待ち合わせをする。そこに現れたのは秘密結社バゴーンの戦闘員SK6だった。マキはSK6から実の父親だという衝撃の事実を告げられ、そこに現れたメサイアたちに捕えられてしまう…。バゴーンの戦闘員は55歳の定年制があり組織の情報が漏れる危険を回避するために処刑処分されるか、もしくは改造手術によって怪人になるという選択を迫られるのだ。定年を迎えたSK6の処分と引き換えにギンガイガーの機密情報を要求されるギンガジュピター、それこそがバゴーンの恐るべき計画だったのだ…。そしてもう一人重大な選択を迫られる者がいた。ギンガサターンこと、ぜんは体力の衰えを感じ、引退か現役を続けるかの決断に迫られていた。そんなある日、盛り場で飲んでいたぜんは冴えない中年の男が街のゴロツキに因縁を付けられている現場に遭遇する。その男は長年のライバルである戦闘員SK6だったのだ！加勢に入るぜんだったが、二人共ゴロツキに袋叩きに合う事に。そこへ偶然通りがかったギンガマーキュリーこと、アイカはゴロツキを一瞬で倒す。そしてSK6はメサイアがバゴーンの洗脳によって下部となったギンガジュピターを使い本部を爆破する計画を立てている事を告げるのだった！果たしてギンガイガーはバゴーンの計画を阻止する事ができるのか！

孤高のテロリスト・カスミによって病院から連れ去られたメイは、新細胞の研究者・マコの居場所について尋問を受ける。体中を針で刺されながらも、警護官のプライドにかけて口を割らないメイ。そこへ収容所から脱走したジンが姿を現す。ジンの冷たい殺気に危険を感じるカスミであったが、目的を遂行するためにも邪魔なジンに襲い掛かり、実力者同士の壮絶な戦いの隙を突いて脱出するメイはリオと合流し、再びマコの救出作戦に乗り出すのであった。チームガルーダ、銀の牙、カスミ、ジンの思惑が絡み合う新世紀超ハードボイルドアクションドラマのクライマックス！！魂を燃やし尽くす戦いの終末は…。

銀河の平和を守る正義の戦士ギンガイガーは地球征服を狙う悪の帝国バゴーンと熾烈な戦いを続けていた。そんなある日、共和国元老院最高議長を誘拐しようと画策するバゴーンの奇襲を受ける。死闘の末バゴーンの怪人を追い詰めるギンガイガー。しかしギンガサターンのミスによって形勢逆転になり絶体絶命のピンチに！だが、突然漆黒のギンガイガーが現われ怪人を倒す。それはワープ航法の事故で死んだはずのギンガブラックだった！伝説のギンガイガーの帰還は共和国に希望をもたらすが、その裏で恐るべきバゴーンの計画が進行していた。そんな事は露も知らないアイカは偶然、街角でチンピラに襲われているサラリーマンを助けた。それがバゴーンの幹部メサイアとも知らずに。そして誘われるままに行きつけの居酒屋に向かう事になるのだった…。

アイカと一夜を過ごしたメサイアはバゴーンから脱走する決心をする。だが尾行していたバゴーンの戦闘員が現れアイカもろとも捕獲されてしまうことに。正体を現したギンガブラックはアイカを激しい拷問にかけ、防衛システムに侵入するためのパスワードを聞き出そうとする。だがアイカは拷問に耐え抜いた。ギンガブラックはついに息子であるたけしの命を引き換えにアイカから情報を聞き出し、本部に強襲をかけ、ギンガイガーを制圧する。しかし絶体絶命のアイカの前に潜入スパイをしていたSK6が現れアイカを救出するのだった。果たしてギンガイガーはバゴーンの地球総攻撃を阻止できるのか！

東京にあるウイルスが流行し、都民に恐怖を与えていた。そのウイルスは人間の悪意を増幅させ、人間を魔物に変えるというもので、さらに最悪なことにウイルスに侵されるのは決まって邪悪な犯罪者だということだった。犯罪者たちは魔物になることを嘆くどころか、喜び、その得た能力を使って暴虐の限りをつくしていた。警視庁と防衛庁はそのウイルスをデビルウイルスと呼び、それに対応する組織を作った。その一員である早見都は、ウイルスに犯された人間を見抜く能力を持っていた。そのことを知った組織は都のパートナーに一人の看護師・真琴をつける。刑事でなく看護師をパートナーにされて、納得いかない都だったが、まだウイルスに感染されて間もない人間を、要領よく治療していく真琴を見て、不満を持ちつつもパートナーと認める。そんなある日、かつて都に仲間を逮捕され復讐のチャンスを狙っていた上沢がウイルスに犯される。

心の貧しい邪悪な思考を持つ者にとりつき、その人間を魔物化するデビルウイルスを生みだし日本にばらまいたマッドサイエンティストの西神礼治。この悪魔をリーサルエンジェルに変身する守乃真琴は刑事の早見都と協力して倒した。だが、デビルウイルスの存在を知り、それを悪用しようとする人間は後を絶たず、早見都は関西地方にも現れ始めた魔物に対応するために大阪に転勤してしまい、関東は守乃真琴一人で対応していた…。しかし、関東には西神を崇拝するマッドサイエンティスト、ドクターウイルザーが現れ、次々と魔物を生みだすため、真琴一人では対応することができずに、第二のリーサルエンジェルを生み出すこととなった。それが新人のリーサルエンジェル、香川唯だった。新たな相棒と一緒に真琴は魔物退治に挑む！だが、今回のウイルス獣もしたたかにリーサルエンジェルの二人を苦しめ痛めつけいたぶるのだった…。

現実とはほんの少し違う別の世界…。世界は戦争により東西にわかれ、それぞれが互いの主張を掲げながらそれぞれの平和という道を歩んでいた。前回のサイボーグ事件から数ヵ月後。病気や老齢で弱った体を修復する新細胞を開発する西側の大企業「ミツオカ製薬」の重役が暗殺され、その被害はリオの友人で新細胞の研究者・マコにまで及んだ。再び要人警護の任に就くリオとメイ。しかし、マコを狙うテロリストは1人だけではなかった。走行中の車を突如襲う謎の武装兵たち。飛び交う銃弾の中の戦闘。何とかマコを守りきったと思ったその時、冷たい瞳の美しい暗殺者が彼女達に襲い掛かる。マコが狙われる理由とは？テロリスト達の正体は？そして、全ての謎を知る男は音も立てずに収容所から脱走するのであった…。